L. Zhang, Gene Expression Profiles in Normal and Cancer Cells. Science (80-. ). 276, 1268–1272 (1997).
Weinstein JN, Collisson EA, Mills GB, Shaw KRM, Ozenberger BA, Ellrott K, Sander C, Stuart JM, Chang K, Creighton CJ, Davis C, Donehower L, Drummond J, Wheeler D, Ally A, Balasundaram M, Birol I, Butterfield YSN, Chu A, Chuah E, Chun HJE, Dhalla N, Guin R, Hirst M, Hirst C, Holt RA, Jones SJM, Lee D, Li HI, Marra MA, Mayo M, Moore RA, Mungall AJ, Robertson AG, Schein JE, Sipahimalani P, Tam A, Thiessen N, Varhol RJ, Beroukhim R, Bhatt AS, Brooks AN, Cherniack AD, Freeman SS, Gabriel SB, Helman E, Jung J, Meyerson M, Ojesina AI, Pedamallu CS, Saksena G, Schumacher SE, Tabak B, Zack T, Lander ES, Bristow CA, Hadjipanayis A, Haseley P, Kucherlapati R, Lee S, Lee E, Luquette LJ, Mahadeshwar HS, Pantazi A, Parfenov M, Park PJ, Protopopov A, Ren X, Santoso N, Seidman J, Seth S, Song X, Tang J, Xi R, Xu AW, Yang L, Zeng D, Auman JT, Balu S, Buda E, Fan C, Hoadley KA, Jones CD, Meng S, Mieczkowski PA, Parker JS, Perou CM, Roach J, Shi Y, Silva GO, Tan D, Veluvolu U, Waring S, Wilkerson MD, Wu J, Zhao W, Bodenheimer T, Hayes DN, Hoyle AP, Jeffreys SR, Mose LE, Simons JV, Soloway MG, Baylin SB, Berman BP, Bootwalla MS, Danilova L, Herman JG, Hinoue T, Laird PW, Rhie SK, Shen H, Triche T, Weisenberger DJ, Carter SL, Cibulskis K, Chin L, Zhang J, Sougnez C, Wang M, Getz G, Dinh H, Doddapaneni HV, Gibbs R, Gunaratne P, Han Y, Kalra D, Kovar C, Lewis L, Morgan M, Morton D, Muzny D, Reid J, Xi L, Cho J, Dicara D, Frazer S, Gehlenborg N, Heiman DI, Kim J, Lawrence MS, Lin P, Liu Y, Noble MS, Stojanov P, Voet D, Zhang H, Zou L, Stewart C, Bernard B, Bressler R, Eakin A, Iype L, Knijnenburg T, Kramer R, Kreisberg R, Leinonen K, Lin J, Liu Y, Miller M, Reynolds SM, Rovira H, Shmulevich I, Thorsson V, Yang D, Zhang W, Amin S, Wu CJ, Wu CC, Akbani R, Aldape K, Baggerly KA, Broom B, Casasent TD, Cleland J, Dodda D, Edgerton M, Han L, Herbrich SM, Ju Z, Kim H, Lerner S, Li J, Liang H, Liu W, Lorenzi PL, Lu Y, Melott J, Nguyen L, Su X, Verhaak R, Wang W, Wong A, Yang Y, Yao J, Yao R, Yoshihara K, Yuan Y, Yung AK, Zhang N, Zheng S, Ryan M, Kane DW, Aksoy BA, Ciriello G, Dresdner G, Gao J, Gross B, Jacobsen A, Kahles A, Ladanyi M, Lee W, Van Lehmann K, Miller ML, Ramirez R, Rätsch G, Reva B, Schultz N, Senbabaoglu Y, Shen R, Sinha R, Sumer SO, Sun Y, Taylor BS, Weinhold N, Fei S, Spellman P, Benz C, Carlin D, Cline M, Craft B, Goldman M, Haussler D, Ma S, Ng S, Paull E, Radenbaugh A, Salama S, Sokolov A, Swatloski T, Uzunangelov V, Waltman P, Yau C, Zhu J, Hamilton SR, Abbott S, Abbott R, Dees ND, Delehaunty K, Ding L, Dooling DJ, Eldred JM, Fronick CC, Fulton R, Fulton LL, Kalicki-Veizer J, Kanchi KL, Kandoth C, Koboldt DC, Larson DE, Ley TJ, Lin L, Lu C, Magrini VJ, Mardis ER, McLellan MD, McMichael JF, Miller CA, O’Laughlin M, Pohl C, Schmidt H, Smith SM, Walker J, Wallis JW, Wendl MC, Wilson RK, Wylie T, Zhang Q, Burton R, Jensen MA, Kahn A, Pihl T, Pot D, Wan Y, Levine DA, Black AD, Bowen J, Frick J, Gastier-Foster JM, Harper HA, Helsel C, Leraas KM, Lichtenberg TM, McAllister C, Ramirez NC, Sharpe S, Wise L, Zmuda E, Chanock SJ, Davidsen T, Demchok JA, Eley G, Felau I, Sheth M, Sofia H, Staudt L, Tarnuzzer R, Wang Z, Yang L, Zhang J, Omberg L, Margolin A, Raphael BJ, Vandin F, Wu HT, Leiserson MDM, Benz SC, Vaske CJ, Noushmehr H, Wolf D, Veer LVT, Anastassiou D, Yang THO, Lopez-Bigas N, Gonzalez-Perez A, Tamborero D, Xia Z, Li W, Cho DY, Przytycka T, Hamilton M, McGuire S, Nelander S, Johansson P, Jörnsten R, Kling T. The cancer genome atlas pan-cancer analysis project. Nat Genet. 2013;45:1113–20.
Article
Google Scholar
Calabrese C, Davidson NR, Demircioğlu D, Fonseca NA, He Y, Kahles A, Van Lehmann K, Liu F, Shiraishi Y, Soulette CM, Urban L, Calabrese C, Davidson NR, Demircioğlu D, Fonseca NA, He Y, Kahles A, Van Lehmann K, Liu F, Shiraishi Y, Soulette CM, Urban L, Greger L, Li S, Liu D, Perry MD, Xiang Q, Zhang F, Zhang J, Bailey P, Erkek S, Hoadley KA, Hou Y, Huska MR, Kilpinen H, Korbel JO, Marin MG, Markowski J, Nandi T, Pan-Hammarström Q, Pedamallu CS, Siebert R, Stark SG, Su H, Tan P, Waszak SM, Yung C, Zhu S, Awadalla P, Creighton CJ, Meyerson M, Ouellette BFF, Wu K, Yang H, Fonseca NA, Kahles A, Van Lehmann K, Urban L, Soulette CM, Shiraishi Y, Liu F, He Y, Demircioğlu D, Davidson NR, Calabrese C, Zhang J, Perry MD, Xiang Q, Greger L, Li S, Liu D, Stark SG, Zhang F, Amin SB, Bailey P, Chateigner A, Cortés-Ciriano I, Craft B, Erkek S, Frenkel-Morgenstern M, Goldman M, Hoadley KA, Hou Y, Huska MR, Khurana E, Kilpinen H, Korbel JO, Lamaze FC, Li C, Li X, Li X, Liu X, Marin MG, Markowski J, Nandi T, Nielsen MM, Ojesina AI, Pan-Hammarström Q, Park PJ, Pedamallu CS, Pedersen JS, Siebert R, Su H, Tan P, Teh BT, Wang J, Waszak SM, Xiong H, Yakneen S, Ye C, Yung C, Zhang X, Zheng L, Zhu J, Zhu S, Awadalla P, Creighton CJ, Meyerson M, Ouellette BFF, Wu K, Yang H, Göke J, Schwarz RF, Stegle O, Zhang Z, Brazma A, Rätsch G, Brooks AN, Brazma A, Brooks AN, Göke J, Rätsch G, Schwarz RF, Stegle O, Zhang Z. Genomic basis for RNA alterations in cancer. Nature. 2020;578:129–36.
Article
CAS
Google Scholar
L. Fachal, H. Aschard, J. Beesley, D. R. Barnes, J. Allen, S. Kar, K. A. Pooley, J. Dennis, K. Michailidou, C. Turman, P. Soucy, A. Lemaçon, M. Lush, J. P. Tyrer, M. Ghoussaini, M. Moradi Marjaneh, X. Jiang, S. Agata, K. Aittomäki, M. R. Alonso, I. L. Andrulis, H. Anton-Culver, N. N. Antonenkova, A. Arason, V. Arndt, K. J. Aronson, B. K. Arun, B. Auber, P. L. Auer, J. Azzollini, J. Balmaña, R. B. Barkardottir, D. Barrowdale, A. Beeghly-Fadiel, J. Benitez, M. Bermisheva, K. Białkowska, A. M. Blanco, C. Blomqvist, W. Blot, N. V. Bogdanova, S. E. Bojesen, M. K. Bolla, B. Bonanni, A. Borg, K. Bosse, H. Brauch, H. Brenner, I. Briceno, I. W. Brock, A. Brooks-Wilson, T. Brüning, B. Burwinkel, S. S. Buys, Q. Cai, T. Caldés, M. A. Caligo, N. J. Camp, I. Campbell, F. Canzian, J. S. Carroll, B. D. Carter, J. E. Castelao, J. Chiquette, H. Christiansen, W. K. Chung, K. B. M. Claes, C. L. Clarke, J. M. Collée, S. Cornelissen, F. J. Couch, A. Cox, S. S. Cross, C. Cybulski, K. Czene, M. B. Daly, M. de la Hoya, P. Devilee, O. Diez, Y. C. Ding, G. S. Dite, S. M. Domchek, T. Dörk, I. Dos-Santos-Silva, A. Droit, S. Dubois, M. Dumont, M. Duran, L. Durcan, M. Dwek, D. M. Eccles, C. Engel, M. Eriksson, D. G. Evans, P. A. Fasching, O. Fletcher, G. Floris, H. Flyger, L. Foretova, W. D. Foulkes, E. Friedman, L. Fritschi, D. Frost, M. Gabrielson, M. Gago-Dominguez, G. Gambino, P. A. Ganz, S. M. Gapstur, J. Garber, J. A. García-Sáenz, M. M. Gaudet, V. Georgoulias, G. G. Giles, G. Glendon, A. K. Godwin, M. S. Goldberg, D. E. Goldgar, A. González-Neira, M. G. Tibiletti, M. H. Greene, M. Grip, J. Gronwald, A. Grundy, P. Guénel, E. Hahnen, C. A. Haiman, N. Håkansson, P. Hall, U. Hamann, P. A. Harrington, J. M. Hartikainen, M. Hartman, W. He, C. S. Healey, B. A. M. Heemskerk-Gerritsen, J. Heyworth, P. Hillemanns, F. B. L. Hogervorst, A. Hollestelle, M. J. Hooning, J. L. Hopper, A. Howell, G. Huang, P. J. Hulick, E. N. Imyanitov, C. Isaacs, M. Iwasaki, A. Jager, M. Jakimovska, A. Jakubowska, P. A. James, R. Janavicius, R. C. Jankowitz, E. M. John, N. Johnson, M. E. Jones, A. Jukkola-Vuorinen, A. Jung, R. Kaaks, D. Kang, P. M. Kapoor, B. Y. Karlan, R. Keeman, M. J. Kerin, E. Khusnutdinova, J. I. Kiiski, J. Kirk, C. M. Kitahara, Y.-D. Ko, I. Konstantopoulou, V.-M. Kosma, S. Koutros, K. Kubelka-Sabit, A. Kwong, K. Kyriacou, Y. Laitman, D. Lambrechts, E. Lee, G. Leslie, J. Lester, F. Lesueur, A. Lindblom, W.-Y. Lo, J. Long, A. Lophatananon, J. T. Loud, J. Lubiński, R. J. MacInnis, T. Maishman, E. Makalic, A. Mannermaa, M. Manoochehri, S. Manoukian, S. Margolin, M. E. Martinez, K. Matsuo, T. Maurer, D. Mavroudis, R. Mayes, L. McGuffog, C. McLean, N. Mebirouk, A. Meindl, A. Miller, N. Miller, M. Montagna, F. Moreno, K. Muir, A. M. Mulligan, V. M. Muñoz-Garzon, T. A. Muranen, S. A. Narod, R. Nassir, K. L. Nathanson, S. L. Neuhausen, H. Nevanlinna, P. Neven, F. C. Nielsen, L. Nikitina-Zake, A. Norman, K. Offit, E. Olah, O. I. Olopade, H. Olsson, N. Orr, A. Osorio, V. S. Pankratz, J. Papp, S. K. Park, T.-W. Park-Simon, M. T. Parsons, J. Paul, I. S. Pedersen, B. Peissel, B. Peshkin, P. Peterlongo, J. Peto, D. Plaseska-Karanfilska, K. Prajzendanc, R. Prentice, N. Presneau, D. Prokofyeva, M. A. Pujana, K. Pylkäs, P. Radice, S. J. Ramus, J. Rantala, R. Rau-Murthy, G. Rennert, H. A. Risch, M. Robson, A. Romero, M. Rossing, E. Saloustros, E. Sánchez-Herrero, D. P. Sandler, M. Santamariña, C. Saunders, E. J. Sawyer, M. T. Scheuner, D. F. Schmidt, R. K. Schmutzler, A. Schneeweiss, M. J. Schoemaker, B. Schöttker, P. Schürmann, C. Scott, R. J. Scott, L. Senter, C. M. Seynaeve, M. Shah, P. Sharma, C.-Y. Shen, X.-O. Shu, C. F. Singer, T. P. Slavin, S. Smichkoska, M. C. Southey, J. J. Spinelli, A. B. Spurdle, J. Stone, D. Stoppa-Lyonnet, C. Sutter, A. J. Swerdlow, R. M. Tamimi, Y. Y. Tan, W. J. Tapper, J. A. Taylor, M. R. Teixeira, M. Tengström, S. H. Teo, M. B. Terry, A. Teulé, M. Thomassen, D. L. Thull, M. Tischkowitz, A. E. Toland, R. A. E. M. Tollenaar, I. Tomlinson, D. Torres, G. Torres-Mejía, M. A. Troester, T. Truong, N. Tung, M. Tzardi, H.-U. Ulmer, C. M. Vachon, C. J. van Asperen, L. E. van der Kolk, E. J. van Rensburg, A. Vega, A. Viel, J. Vijai, M. J. Vogel, Q. Wang, B. Wappenschmidt, C. R. Weinberg, J. N. Weitzel, C. Wendt, H. Wildiers, R. Winqvist, A. Wolk, A. H. Wu, D. Yannoukakos, Y. Zhang, W. Zheng, D. Hunter, P. D. P. Pharoah, J. Chang-Claude, M. García-Closas, M. K. Schmidt, R. L. Milne, V. N. Kristensen, J. D. French, S. L. Edwards, A. C. Antoniou, G. Chenevix-Trench, J. Simard, D. F. Easton, P. Kraft, A. M. Dunning, Fine-mapping of 150 breast cancer risk regions identifies 191 likely target genes. Nat. Genet. 52, 56–73 (2020).
Lim YW, Chen-Harris H, Mayba O, Lianoglou S, Wuster A, Bhangale T, Khan Z, Mariathasan S, Daemen A, Reeder J, Haverty PM, Forrest WF, Brauer M, Mellman I, Albert ML. Germline genetic polymorphisms influence tumor gene expression and immune cell infiltration. Proc Natl Acad Sci U S A. 2018;115:E11701–10.
CAS
PubMed
PubMed Central
Google Scholar
Perola M, Wang DY, Makino S, Kettunen J, Meitinger T, Prokisch H, Veldink JH, Jansen RC, Milani L, Völker U, Schurmann C, Peters MJ, Yaghootkar H, Herder C, Grallert H, Esko T, Wijmenga C, Zolezzi F, Schramm K, Petersmann A, Fairfax BP, Strauch K, Fu J, van den Berg LH, Hernandez DG, Singleton AB, Melzer D, Homuth G, Melchiotti R, Roden M, Salomaa V, van Meurs JBJ, Kasela S, Ferrucci L, Andiappan AK, Ripatti S, Visschedijk M, Larbi A, Uitterlinden AG, Wood AR, Westra H-J, Franke L, Reinmaa E, Hofman A, Arends D, Peterson P, Poidinger M, Tserel L, Weersma RK, Rivadeneira F, Karjalainen J, Platteel M, Li Y, Rotzschke O, Knight JC, Lorbeer R, Lee B, Metspalu A. Cell Specific eQTL Analysis without Sorting Cells. PLOS Genet. 2015;11: e1005223.
Article
Google Scholar
P. Geeleher, A. Nath, F. Wang, Z. Zhang, A. N. Barbeira, J. Fessler, R. L. Grossman, C. Seoighe, R. Stephanie Huang, Cancer expression quantitative trait loci (eQTLs) can be determined from heterogeneous tumor gene expression data by modeling variation in tumor purity. Genome Biol. 19, 130 (2018).
S. Kim-Hellmuth, F. Aguet, M. Oliva, M. Muñoz-Aguirre, S. Kasela, V. Wucher, S. E. Castel, A. R. Hamel, A. Viñuela, A. L. Roberts, S. Mangul, X. Wen, G. Wang, A. N. Barbeira, D. Garrido-Martín, B. B. Nadel, Y. Zou, R. Bonazzola, J. Quan, A. Brown, A. Martinez-Perez, J. M. Soria, G. Getz, E. T. Dermitzakis, K. S. Small, M. Stephens, H. S. Xi, H. K. Im, R. Guigó, A. V. Segrè, B. E. Stranger, K. G. Ardlie, T. Lappalainen, Cell type–specific genetic regulation of gene expression across human tissues. Science (80-. ). 369, eaaz8528 (2020).
Baxter JS, Leavy OC, Dryden NH, Maguire S, Johnson N, Fedele V, Simigdala N, Martin L, Andrews S, Wingett SW, Assiotis I, Fenwick K, Chauhan R, Rust AG, Orr N, Dudbridge F, Haider S, Fletcher O. Capture Hi-C identifies putative target genes at 33 breast cancer risk loci. Nat Commun. 2018;9:1028.
Article
Google Scholar
Y. Qian, L. Zhang, M. Cai, H. Li, H. Xu, H. Yang, Z. Zhao, S. K. Rhie, P. J. Farnham, J. Shi, W. Lu, The prostate cancer risk variant rs55958994 regulates multiple gene expression through extreme long-range chromatin interaction to control tumor progression, 1–13 (2019).
Grossman RL, Heath AP, Ferretti V, Varmus HE, Lowy DR, Kibbe WA, Staudt LM. Toward a Shared Vision for Cancer Genomic Data. N Engl J Med. 2016;375:1109–12.
Article
Google Scholar
J. Liu, T. Lichtenberg, K. A. Hoadley, L. M. Poisson, A. J. Lazar, A. D. Cherniack, A. J. Kovatich, C. C. Benz, D. A. Levine, A. V. Lee, L. Omberg, D. M. Wolf, C. D. Shriver, V. Thorsson, S. J. Caesar-Johnson, J. A. Demchok, I. Felau, M. Kasapi, M. L. Ferguson, C. M. Hutter, H. J. Sofia, R. Tarnuzzer, Z. Wang, L. Yang, J. C. Zenklusen, J. (Julia) Zhang, S. Chudamani, J. Liu, L. Lolla, R. Naresh, T. Pihl, Q. Sun, Y. Wan, Y. Wu, J. Cho, T. DeFreitas, S. Frazer, N. Gehlenborg, G. Getz, D. I. Heiman, J. Kim, M. S. Lawrence, P. Lin, S. Meier, M. S. Noble, G. Saksena, D. Voet, H. Zhang, B. Bernard, N. Chambwe, V. Dhankani, T. Knijnenburg, R. Kramer, K. Leinonen, Y. Liu, M. Miller, S. Reynolds, I. Shmulevich, V. Thorsson, W. Zhang, R. Akbani, B. M. Broom, A. M. Hegde, Z. Ju, R. S. Kanchi, A. Korkut, J. Li, H. Liang, S. Ling, W. Liu, Y. Lu, G. B. Mills, K. S. Ng, A. Rao, M. Ryan, J. Wang, J. N. Weinstein, J. Zhang, A. Abeshouse, J. Armenia, D. Chakravarty, W. K. Chatila, I. de Bruijn, J. Gao, B. E. Gross, Z. J. Heins, R. Kundra, K. La, M. Ladanyi, A. Luna, M. G. Nissan, A. Ochoa, S. M. Phillips, E. Reznik, F. Sanchez-Vega, C. Sander, N. Schultz, R. Sheridan, S. O. Sumer, Y. Sun, B. S. Taylor, J. Wang, H. Zhang, P. Anur, M. Peto, P. Spellman, C. Benz, J. M. Stuart, C. K. Wong, C. Yau, D. N. Hayes, J. S. Parker, M. D. Wilkerson, A. Ally, M. Balasundaram, R. Bowlby, D. Brooks, R. Carlsen, E. Chuah, N. Dhalla, R. Holt, S. J. M. Jones, K. Kasaian, D. Lee, Y. Ma, M. A. Marra, M. Mayo, R. A. Moore, A. J. Mungall, K. Mungall, A. G. Robertson, S. Sadeghi, J. E. Schein, P. Sipahimalani, A. Tam, N. Thiessen, K. Tse, T. Wong, A. C. Berger, R. Beroukhim, A. D. Cherniack, C. Cibulskis, S. B. Gabriel, G. F. Gao, G. Ha, M. Meyerson, S. E. Schumacher, J. Shih, M. H. Kucherlapati, R. S. Kucherlapati, S. Baylin, L. Cope, L. Danilova, M. S. Bootwalla, P. H. Lai, D. T. Maglinte, D. J. Van Den Berg, D. J. Weisenberger, J. T. Auman, S. Balu, T. Bodenheimer, C. Fan, K. A. Hoadley, A. P. Hoyle, S. R. Jefferys, C. D. Jones, S. Meng, P. A. Mieczkowski, L. E. Mose, A. H. Perou, C. M. Perou, J. Roach, Y. Shi, J. V. Simons, T. Skelly, M. G. Soloway, D. Tan, U. Veluvolu, H. Fan, T. Hinoue, P. W. Laird, H. Shen, W. Zhou, M. Bellair, K. Chang, K. Covington, C. J. Creighton, H. Dinh, H. V. Doddapaneni, L. A. Donehower, J. Drummond, R. A. Gibbs, R. Glenn, W. Hale, Y. Han, J. Hu, V. Korchina, S. Lee, L. Lewis, W. Li, X. Liu, M. Morgan, D. Morton, D. Muzny, J. Santibanez, M. Sheth, E. Shinbro, L. Wang, M. Wang, D. A. Wheeler, L. Xi, F. Zhao, J. Hess, E. L. Appelbaum, M. Bailey, M. G. Cordes, L. Ding, C. C. Fronick, L. A. Fulton, R. S. Fulton, C. Kandoth, E. R. Mardis, M. D. McLellan, C. A. Miller, H. K. Schmidt, R. K. Wilson, D. Crain, E. Curley, J. Gardner, K. Lau, D. Mallery, S. Morris, J. Paulauskis, R. Penny, C. Shelton, T. Shelton, M. Sherman, E. Thompson, P. Yena, J. Bowen, J. M. Gastier-Foster, M. Gerken, K. M. Leraas, T. M. Lichtenberg, N. C. Ramirez, L. Wise, E. Zmuda, N. Corcoran, T. Costello, C. Hovens, A. L. Carvalho, A. C. de Carvalho, J. H. Fregnani, A. Longatto-Filho, R. M. Reis, C. Scapulatempo-Neto, H. C. S. Silveira, D. O. Vidal, A. Burnette, J. Eschbacher, B. Hermes, A. Noss, R. Singh, M. L. Anderson, P. D. Castro, M. Ittmann, D. Huntsman, B. Kohl, X. Le, R. Thorp, C. Andry, E. R. Duffy, V. Lyadov, O. Paklina, G. Setdikova, A. Shabunin, M. Tavobilov, C. McPherson, R. Warnick, R. Berkowitz, D. Cramer, C. Feltmate, N. Horowitz, A. Kibel, M. Muto, C. P. Raut, A. Malykh, J. S. Barnholtz-Sloan, W. Barrett, K. Devine, J. Fulop, Q. T. Ostrom, K. Shimmel, Y. Wolinsky, A. E. Sloan, A. De Rose, F. Giuliante, M. Goodman, B. Y. Karlan, C. H. Hagedorn, J. Eckman, J. Harr, J. Myers, K. Tucker, L. A. Zach, B. Deyarmin, H. Hu, L. Kvecher, C. Larson, R. J. Mural, S. Somiari, A. Vicha, T. Zelinka, J. Bennett, M. Iacocca, B. Rabeno, P. Swanson, M. Latour, L. Lacombe, B. Têtu, A. Bergeron, M. McGraw, S. M. Staugaitis, J. Chabot, H. Hibshoosh, A. Sepulveda, T. Su, T. Wang, O. Potapova, O. Voronina, L. Desjardins, O. Mariani, S. Roman-Roman, X. Sastre, M. H. Stern, F. Cheng, S. Signoretti, A. Berchuck, D. Bigner, E. Lipp, J. Marks, S. McCall, R. McLendon, A. Secord, A. Sharp, M. Behera, D. J. Brat, A. Chen, K. Delman, S. Force, F. Khuri, K. Magliocca, S. Maithel, J. J. Olson, T. Owonikoko, A. Pickens, S. Ramalingam, D. M. Shin, G. Sica, E. G. Van Meir, H. Zhang, W. Eijckenboom, A. Gillis, E. Korpershoek, L. Looijenga, W. Oosterhuis, H. Stoop, K. E. van Kessel, E. C. Zwarthoff, C. Calatozzolo, L. Cuppini, S. Cuzzubbo, F. DiMeco, G. Finocchiaro, L. Mattei, A. Perin, B. Pollo, C. Chen, J. Houck, P. Lohavanichbutr, A. Hartmann, C. Stoehr, R. Stoehr, H. Taubert, S. Wach, B. Wullich, W. Kycler, D. Murawa, M. Wiznerowicz, K. Chung, W. J. Edenfield, J. Martin, E. Baudin, G. Bubley, R. Bueno, A. De Rienzo, W. G. Richards, S. Kalkanis, T. Mikkelsen, H. Noushmehr, L. Scarpace, N. Girard, M. Aymerich, E. Campo, E. Giné, A. L. Guillermo, N. Van Bang, P. T. Hanh, B. D. Phu, Y. Tang, H. Colman, K. Evason, P. R. Dottino, J. A. Martignetti, H. Gabra, H. Juhl, T. Akeredolu, S. Stepa, D. Hoon, K. Ahn, K. J. Kang, F. Beuschlein, A. Breggia, M. Birrer, D. Bell, M. Borad, A. H. Bryce, E. Castle, V. Chandan, J. Cheville, J. A. Copland, M. Farnell, T. Flotte, N. Giama, T. Ho, M. Kendrick, J. P. Kocher, K. Kopp, C. Moser, D. Nagorney, D. O’Brien, B. P. O’Neill, T. Patel, G. Petersen, F. Que, M. Rivera, L. Roberts, R. Smallridge, T. Smyrk, M. Stanton, R. H. Thompson, M. Torbenson, J. D. Yang, L. Zhang, F. Brimo, J. A. Ajani, A. M. Angulo Gonzalez, C. Behrens, J. Bondaruk, R. Broaddus, B. Czerniak, B. Esmaeli, J. Fujimoto, J. Gershenwald, C. Guo, C. Logothetis, F. Meric-Bernstam, C. Moran, L. Ramondetta, D. Rice, A. Sood, P. Tamboli, T. Thompson, P. Troncoso, A. Tsao, I. Wistuba, C. Carter, L. Haydu, P. Hersey, V. Jakrot, H. Kakavand, R. Kefford, K. Lee, G. Long, G. Mann, M. Quinn, R. Saw, R. Scolyer, K. Shannon, A. Spillane, J. Stretch, M. Synott, J. Thompson, J. Wilmott, H. Al-Ahmadie, T. A. Chan, R. Ghossein, A. Gopalan, D. A. Levine, V. Reuter, S. Singer, B. Singh, N. V. Tien, T. Broudy, C. Mirsaidi, P. Nair, P. Drwiega, J. Miller, J. Smith, H. Zaren, J. W. Park, N. P. Hung, E. Kebebew, W. M. Linehan, A. R. Metwalli, K. Pacak, P. A. Pinto, M. Schiffman, L. S. Schmidt, C. D. Vocke, N. Wentzensen, R. Worrell, H. Yang, M. Moncrieff, C. Goparaju, J. Melamed, H. Pass, N. Botnariuc, I. Caraman, M. Cernat, I. Chemencedji, A. Clipca, S. Doruc, G. Gorincioi, S. Mura, M. Pirtac, I. Stancul, D. Tcaciuc, M. Albert, I. Alexopoulou, A. Arnaout, J. Bartlett, J. Engel, S. Gilbert, J. Parfitt, H. Sekhon, G. Thomas, D. M. Rassl, R. C. Rintoul, C. Bifulco, R. Tamakawa, W. Urba, N. Hayward, H. Timmers, A. Antenucci, F. Facciolo, G. Grazi, M. Marino, R. Merola, R. de Krijger, A. P. Gimenez-Roqueplo, A. Piché, S. Chevalier, G. McKercher, K. Birsoy, G. Barnett, C. Brewer, C. Farver, T. Naska, N. A. Pennell, D. Raymond, C. Schilero, K. Smolenski, F. Williams, C. Morrison, J. A. Borgia, M. J. Liptay, M. Pool, C. W. Seder, K. Junker, L. Omberg, M. Dinkin, G. Manikhas, D. Alvaro, M. C. Bragazzi, V. Cardinale, G. Carpino, E. Gaudio, D. Chesla, S. Cottingham, M. Dubina, F. Moiseenko, R. Dhanasekaran, K. F. Becker, K. P. Janssen, J. Slotta-Huspenina, M. H. Abdel-Rahman, D. Aziz, S. Bell, C. M. Cebulla, A. Davis, R. Duell, J. B. Elder, J. Hilty, B. Kumar, J. Lang, N. L. Lehman, R. Mandt, P. Nguyen, R. Pilarski, K. Rai, L. Schoenfield, K. Senecal, P. Wakely, P. Hansen, R. Lechan, J. Powers, A. Tischler, W. E. Grizzle, K. C. Sexton, A. Kastl, J. Henderson, S. Porten, J. Waldmann, M. Fassnacht, S. L. Asa, D. Schadendorf, M. Couce, M. Graefen, H. Huland, G. Sauter, T. Schlomm, R. Simon, P. Tennstedt, O. Olabode, M. Nelson, O. Bathe, P. R. Carroll, J. M. Chan, P. Disaia, P. Glenn, R. K. Kelley, C. N. Landen, J. Phillips, M. Prados, J. Simko, K. Smith-McCune, S. VandenBerg, K. Roggin, A. Fehrenbach, A. Kendler, S. Sifri, R. Steele, A. Jimeno, F. Carey, I. Forgie, M. Mannelli, M. Carney, B. Hernandez, B. Campos, C. Herold-Mende, C. Jungk, A. Unterberg, A. von Deimling, A. Bossler, J. Galbraith, L. Jacobus, M. Knudson, T. Knutson, D. Ma, M. Milhem, R. Sigmund, A. K. Godwin, R. Madan, H. G. Rosenthal, C. Adebamowo, S. N. Adebamowo, A. Boussioutas, D. Beer, T. Giordano, A. M. Mes-Masson, F. Saad, T. Bocklage, L. Landrum, R. Mannel, K. Moore, K. Moxley, R. Postier, J. Walker, R. Zuna, M. Feldman, F. Valdivieso, R. Dhir, J. Luketich, E. M. Mora Pinero, M. Quintero-Aguilo, C. G. Carlotti, J. S. Dos Santos, R. Kemp, A. Sankarankuty, D. Tirapelli, J. Catto, K. Agnew, E. Swisher, J. Creaney, B. Robinson, C. S. Shelley, E. M. Godwin, S. Kendall, C. Shipman, C. Bradford, T. Carey, A. Haddad, J. Moyer, L. Peterson, M. Prince, L. Rozek, G. Wolf, R. Bowman, K. M. Fong, I. Yang, R. Korst, W. K. Rathmell, J. L. Fantacone-Campbell, J. A. Hooke, A. J. Kovatich, C. D. Shriver, J. DiPersio, B. Drake, R. Govindan, S. Heath, T. Ley, B. Van Tine, P. Westervelt, M. A. Rubin, J. Il Lee, N. D. Aredes, A. Mariamidze, H. Hu, An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics. Cell. 173, 400–416.e11 (2018).
Korn JM, Kuruvilla FG, McCarroll SA, Wysoker A, Nemesh J, Cawley S, Hubbell E, Veitch J, Collins PJ, Darvishi K, Lee C, Nizzari MM, Gabriel SB, Purcell S, Daly MJ, Altshuler D. Integrated genotype calling and association analysis of SNPs, common copy number polymorphisms and rare CNVs. Nat Genet. 2008;40:1253–60.
Article
CAS
Google Scholar
Purcell S, Neale B, Todd-Brown K, Thomas L, Ferreira MAR, Bender D, Maller J, Sklar P, de Bakker PIW, Daly MJ, Sham PC. PLINK: A Tool Set for Whole-Genome Association and Population-Based Linkage Analyses. Am J Hum Genet. 2007;81:559–75.
Article
CAS
Google Scholar
The 1000 Genomes Consortium, A global reference for human genetic variation. Nature. 526, 68–74 (2015).
Loh P, Danecek P, Palamara PF, Fuchsberger C, Reshef YA, Finucane HK, Schoenherr S, Forer L, McCarthy S, Abecasis GR, Durbin R, Price AL. Reference-based phasing using the Haplotype Reference Consortium panel. Nat Genet. 2016;48:1443–8.
Article
CAS
Google Scholar
Howie B, Fuchsberger C, Stephens M, Marchini J, Abecasis GR. Fast and accurate genotype imputation in genome-wide association studies through pre-phasing. Nat Genet. 2012;44:955–9.
Article
CAS
Google Scholar
S. Das, L. Forer, S. Schönherr, C. Sidore, A. E. Locke, A. Kwong, S. I. Vrieze, E. Y. Chew, S. Levy, M. Mcgue, D. Schlessinger, D. Stambolian, P. Loh, W. G. Iacono, A. Swaroop, L. J. Scott, F. Cucca, F. Kronenberg, M. Boehnke, G. R. Abecasis, C. Fuchsberger, Next-generation genotype imputation service and methods. 48 (2016), doi:https://doi.org/10.1038/ng.3656.
Anders S, Pyl PT, Huber W. HTSeq–a Python framework to work with high-throughput sequencing data. Bioinformatics. 2015;31:166–9.
Article
CAS
Google Scholar
Love MI, Huber W, Anders S. Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2. Genome Biol. 2014;15:1–21.
Article
Google Scholar
Stegle O, Parts L, Piipari M, Winn J, Durbin R. Using probabilistic estimation of expression residuals (PEER) to obtain increased power and interpretability of gene expression analyses. Nat Protoc. 2012;7:500–7.
Article
CAS
Google Scholar
Aguet F, Brown AA, Castel SE, Davis JR, He Y, Jo B, Mohammadi P, Park YS, Parsana P, Segrè AV, Strober BJ, Zappala Z, Cummings BB, Gelfand ET, Hadley K, Huang KH, Lek M, Li X, Nedzel JL, Nguyen DY, Noble MS, Sullivan TJ, Tukiainen T, MacArthur DG, Getz G, Addington A, Guan P, Koester S, Little AR, Lockhart NC, Moore HM, Rao A, Struewing JP, Volpi S, Brigham LE, Hasz R, Hunter M, Johns C, Johnson M, Kopen G, Leinweber WF, Lonsdale JT, McDonald A, Mestichelli B, Myer K, Roe B, Salvatore M, Shad S, Thomas JA, Walters G, Washington M, Wheeler J, Bridge J, Foster BA, Gillard BM, Karasik E, Kumar R, Miklos M, Moser MT, Jewell SD, Montroy RG, Rohrer DC, Valley D, Mash DC, Davis DA, Sobin L, Barcus ME, Branton PA, Abell NS, Balliu B, Delaneau O, Frésard L, Gamazon ER, Garrido-Martín D, Gewirtz ADH, Gliner G, Gloudemans MJ, Han B, He AZ, Hormozdiari F, Li X, Liu B, Kang EY, McDowell IC, Ongen H, Palowitch JJ, Peterson CB, Quon G, Ripke S, Saha A, Shabalin AA, Shimko TC, Sul JH, Teran NA, Tsang EK, Zhang H, Zhou YH, Bustamante CD, Cox NJ, Guigó R, Kellis M, McCarthy MI, Conrad DF, Eskin E, Li G, Nobel AB, Sabatti C, Stranger BE, Wen X, Wright FA, Ardlie KG, Dermitzakis ET, Lappalainen T, Battle A, Brown CD, Engelhardt BE, Montgomery SB, Handsaker RE, Kashin S, Karczewski KJ, Nguyen DT, Trowbridge CA, Barshir R, Basha O, Bogu GK, Chen LS, Chiang C, Damani FN, Ferreira PG, Hall IM, Howald C, Im HK, Kim Y, Kim-Hellmuth S, Mangul S, Monlong J, Muñoz-Aguirre M, Ndungu AW, Nicolae DL, Oliva M, Panousis N, Papasaikas P, Payne AJ, Quan J, Reverter F, Sammeth M, Scott AJ, Sodaei R, Stephens M, Urbut S, Van De Bunt M, Wang G, Xi HS, Yeger-Lotem E, Zaugg JB, Akey JM, Bates D, Chan J, Claussnitzer M, Demanelis K, Diegel M, Doherty JA, Feinberg AP, Fernando MS, Halow J, Hansen KD, Haugen E, Hickey PF, Hou L, Jasmine F, Jian R, Jiang L, Johnson A, Kaul R, Kibriya MG, Lee K, Li JB, Li Q, Lin J, Lin S, Linder S, Linke C, Liu Y, Maurano MT, Molinie B, Nelson J, Neri FJ, Park Y, Pierce BL, Rinaldi NJ, Rizzardi LF, Sandstrom R, Skol A, Smith KS, Snyder MP, Stamatoyannopoulos J, Tang H, Wang L, Wang M, Van Wittenberghe N, Wu F, Zhang R, Nierras CR, Carithers LJ, Vaught JB, Gould SE, Lockart NC, Martin C, Addington AM, Koester SE, Undale AH, Smith AM, Tabor DE, Roche NV, McLean JA, Vatanian N, Robinson KL, Valentino KM, Qi L, Hunter S, Hariharan P, Singh S, Um KS, Matose T, Tomaszewski MM, Barker LK, Mosavel M, Siminoff LA, Traino HM, Flicek P, Juettemann T, Ruffier M, Sheppard D, Taylor K, Trevanion SJ, Zerbino DR, Craft B, Goldman M, Haeussler M, Kent WJ, Lee CM, Paten B, Rosenbloom KR, Vivian J, Zhu J. Genetic effects on gene expression across human tissues. Nature. 2017;550:204–13.
Article
Google Scholar
Ongen H, Buil A, Brown AA, Dermitzakis ET, Delaneau O. Fast and efficient QTL mapper for thousands of molecular phenotypes. Bioinformatics. 2016;32:1479–85.
Article
CAS
Google Scholar
Hoffman GE, Schadt EE. variancePartition: interpreting drivers of variation in complex gene expression studies. BMC Bioinformatics. 2016;17:483.
Article
Google Scholar
Mohammadi P, Castel SE, Brown AA, Lappalainen T. Quantifying the regulatory effect size of cis-acting genetic variation using allelic fold change. Genome Res. 2017;27:1872–84.
Article
CAS
Google Scholar
Young MD, Wakefield MJ, Smyth GK, Oshlack A. Gene ontology analysis for RNA-seq: accounting for selection bias. Genome Biol. 2010;11:R14.
Article
Google Scholar
Newman AM, Steen CB, Liu CL, Gentles AJ, Chaudhuri AA, Scherer F, Khodadoust MS, Esfahani MS, Luca BA, Steiner D, Diehn M, Alizadeh AA. Determining cell type abundance and expression from bulk tissues with digital cytometry. Nat Biotechnol. 2019;37:773–82.
Article
CAS
Google Scholar
V. V. Thorsson, D. L. Gibbs, S. D. Brown, D. Wolf, D. S. Bortone, T. H. Ou Yang, E. Porta-Pardo, G. F. Gao, C. L. Plaisier, J. A. Eddy, E. Ziv, A. C. Culhane, E. O. Paull, I. K. A. Sivakumar, A. J. Gentles, R. Malhotra, F. Farshidfar, A. Colaprico, J. S. Parker, L. E. Mose, N. S. Vo, J. Liu, Y. Liu, J. Rader, V. Dhankani, S. M. Reynolds, R. Bowlby, A. Califano, A. D. Cherniack, D. Anastassiou, D. Bedognetti, A. Rao, K. Chen, A. Krasnitz, H. Hu, T. M. Malta, H. Noushmehr, C. S. Pedamallu, S. Bullman, A. I. Ojesina, A. Lamb, W. Zhou, H. Shen, T. K. Choueiri, J. N. Weinstein, J. Guinney, J. Saltz, R. A. Holt, C. E. Rabkin, S. J. Caesar-Johnson, J. A. Demchok, I. Felau, M. Kasapi, M. L. Ferguson, C. M. Hutter, H. J. Sofia, R. Tarnuzzer, Z. Wang, L. Yang, J. C. Zenklusen, J. J. (Julia) Zhang, S. Chudamani, J. Liu, L. Lolla, R. Naresh, T. Pihl, Q. Sun, Y. Wan, Y. Wu, J. Cho, T. DeFreitas, S. Frazer, N. Gehlenborg, G. Getz, D. I. Heiman, J. Kim, M. S. Lawrence, P. Lin, S. Meier, M. S. Noble, G. Saksena, D. Voet, H. H. H. Zhang, B. Bernard, N. Chambwe, V. Dhankani, T. Knijnenburg, R. Kramer, K. Leinonen, Y. Liu, M. Miller, S. M. Reynolds, I. Shmulevich, V. V. Thorsson, W. Zhang, R. Akbani, B. M. Broom, A. M. Hegde, Z. Ju, R. S. Kanchi, A. Korkut, J. Li, H. Liang, S. Ling, W. Liu, Y. Lu, G. B. Mills, K. S. Ng, A. Rao, M. Ryan, J. J. Wang, J. N. Weinstein, J. J. (Julia) Zhang, A. Abeshouse, J. Armenia, D. Chakravarty, W. K. Chatila, I. de Bruijn, J. Gao, B. E. Gross, Z. J. Heins, R. Kundra, K. La, M. Ladanyi, A. Luna, M. G. Nissan, A. Ochoa, S. M. Phillips, E. Reznik, F. Sanchez-Vega, C. Sander, N. Schultz, R. Sheridan, S. O. Sumer, Y. Sun, B. S. Taylor, J. J. Wang, H. H. H. Zhang, P. Anur, M. Peto, P. Spellman, C. Benz, J. M. Stuart, C. K. Wong, C. Yau, D. N. Hayes, J. S. Parker, M. D. Wilkerson, A. Ally, M. Balasundaram, R. Bowlby, D. Brooks, R. Carlsen, E. Chuah, N. Dhalla, R. A. Holt, S. J. M. Jones, K. Kasaian, D. Lee, Y. Ma, M. A. Marra, M. Mayo, R. A. Moore, A. J. Mungall, K. Mungall, A. G. Robertson, S. Sadeghi, J. E. Schein, P. Sipahimalani, A. Tam, N. Thiessen, K. Tse, T. Wong, A. C. Berger, R. Beroukhim, A. D. Cherniack, C. Cibulskis, S. B. Gabriel, G. F. Gao, G. Ha, M. Meyerson, S. E. Schumacher, J. Shih, M. H. Kucherlapati, R. S. Kucherlapati, S. Baylin, L. Cope, L. Danilova, M. S. Bootwalla, P. H. Lai, D. T. Maglinte, D. J. Van Den Berg, D. J. Weisenberger, J. T. Auman, S. Balu, T. Bodenheimer, C. Fan, K. A. Hoadley, A. P. Hoyle, S. R. Jefferys, C. D. Jones, S. Meng, P. A. Mieczkowski, L. E. Mose, A. H. Perou, C. M. Perou, J. Roach, Y. Shi, J. V. Simons, T. Skelly, M. G. Soloway, D. Tan, U. Veluvolu, H. Fan, T. Hinoue, P. W. Laird, H. Shen, W. Zhou, M. Bellair, K. Chang, K. Covington, C. J. Creighton, H. Dinh, H. V. Doddapaneni, L. A. Donehower, J. Drummond, R. A. Gibbs, R. Glenn, W. Hale, Y. Han, J. Hu, V. Korchina, S. Lee, L. Lewis, W. Li, X. Liu, M. Morgan, D. Morton, D. Muzny, J. Santibanez, M. Sheth, E. Shinbrot, L. Wang, M. Wang, D. A. Wheeler, L. Xi, F. Zhao, J. Hess, E. L. Appelbaum, M. Bailey, M. G. Cordes, L. Ding, C. C. Fronick, L. A. Fulton, R. S. Fulton, C. Kandoth, E. R. Mardis, M. D. McLellan, C. A. Miller, H. K. Schmidt, R. K. Wilson, D. Crain, E. Curley, J. Gardner, K. Lau, D. Mallery, S. Morris, J. Paulauskis, R. Penny, C. Shelton, T. Shelton, M. Sherman, E. Thompson, P. Yena, J. Bowen, J. M. Gastier-Foster, M. Gerken, K. M. Leraas, T. M. Lichtenberg, N. C. Ramirez, L. Wise, E. Zmuda, N. Corcoran, T. Costello, C. Hovens, A. L. Carvalho, A. C. de Carvalho, J. H. Fregnani, A. Longatto-Filho, R. M. Reis, C. Scapulatempo-Neto, H. C. S. Silveira, D. O. Vidal, A. Burnette, J. Eschbacher, B. Hermes, A. Noss, R. Singh, M. L. Anderson, P. D. Castro, M. Ittmann, D. Huntsman, B. Kohl, X. Le, R. Thorp, C. Andry, E. R. Duffy, V. Lyadov, O. Paklina, G. Setdikova, A. Shabunin, M. Tavobilov, C. McPherson, R. Warnick, R. Berkowitz, D. Cramer, C. Feltmate, N. Horowitz, A. Kibel, M. Muto, C. P. Raut, A. Malykh, J. S. Barnholtz-Sloan, W. Barrett, K. Devine, J. Fulop, Q. T. Ostrom, K. Shimmel, Y. Wolinsky, A. E. Sloan, A. De Rose, F. Giuliante, M. Goodman, B. Y. Karlan, C. H. Hagedorn, J. Eckman, J. Harr, J. Myers, K. Tucker, L. A. Zach, B. Deyarmin, H. Hu, L. Kvecher, C. Larson, R. J. Mural, S. Somiari, A. Vicha, T. Zelinka, J. Bennett, M. Iacocca, B. Rabeno, P. Swanson, M. Latour, L. Lacombe, B. Têtu, A. Bergeron, M. McGraw, S. M. Staugaitis, J. Chabot, H. Hibshoosh, A. Sepulveda, T. Su, T. Wang, O. Potapova, O. Voronina, L. Desjardins, O. Mariani, S. Roman-Roman, X. Sastre, M. H. Stern, F. Cheng, S. Signoretti, A. Berchuck, D. Bigner, E. Lipp, J. Marks, S. McCall, R. McLendon, A. Secord, A. Sharp, M. Behera, D. J. Brat, A. Chen, K. Delman, S. Force, F. Khuri, K. Magliocca, S. Maithel, J. J. Olson, T. Owonikoko, A. Pickens, S. Ramalingam, D. M. Shin, G. Sica, E. G. Van Meir, H. H. H. Zhang, W. Eijckenboom, A. Gillis, E. Korpershoek, L. Looijenga, W. Oosterhuis, H. Stoop, K. E. van Kessel, E. C. Zwarthoff, C. Calatozzolo, L. Cuppini, S. Cuzzubbo, F. DiMeco, G. Finocchiaro, L. Mattei, A. Perin, B. Pollo, C. Chen, J. Houck, P. Lohavanichbutr, A. Hartmann, C. Stoehr, R. Stoehr, H. Taubert, S. Wach, B. Wullich, W. Kycler, D. Murawa, M. Wiznerowicz, K. Chung, W. J. Edenfield, J. Martin, E. Baudin, G. Bubley, R. Bueno, A. De Rienzo, W. G. Richards, S. Kalkanis, T. Mikkelsen, H. Noushmehr, L. Scarpace, N. Girard, M. Aymerich, E. Campo, E. Giné, A. L. Guillermo, N. Van Bang, P. T. Hanh, B. D. Phu, Y. Tang, H. Colman, K. Evason, P. R. Dottino, J. A. Martignetti, H. Gabra, H. Juhl, T. Akeredolu, S. Stepa, D. Hoon, K. Ahn, K. J. Kang, F. Beuschlein, A. Breggia, M. Birrer, D. Bell, M. Borad, A. H. Bryce, E. Castle, V. Chandan, J. Cheville, J. A. Copland, M. Farnell, T. Flotte, N. Giama, T. Ho, M. Kendrick, J. P. Kocher, K. Kopp, C. Moser, D. Nagorney, D. O’Brien, B. P. O’Neill, T. Patel, G. Petersen, F. Que, M. Rivera, L. Roberts, R. Smallridge, T. Smyrk, M. Stanton, R. H. Thompson, M. Torbenson, J. D. Yang, L. Zhang, F. Brimo, J. A. Ajani, A. M. A. Gonzalez, C. Behrens, J. Bondaruk, R. Broaddus, B. Czerniak, B. Esmaeli, J. Fujimoto, J. Gershenwald, C. Guo, A. J. Lazar, C. Logothetis, F. Meric-Bernstam, C. Moran, L. Ramondetta, D. Rice, A. Sood, P. Tamboli, T. Thompson, P. Troncoso, A. Tsao, I. Wistuba, C. Carter, L. Haydu, P. Hersey, V. Jakrot, H. Kakavand, R. Kefford, K. Lee, G. Long, G. Mann, M. Quinn, R. Saw, R. Scolyer, K. Shannon, A. Spillane, onathan Stretch, M. Synott, J. Thompson, J. Wilmott, H. Al-Ahmadie, T. A. Chan, R. Ghossein, A. Gopalan, D. A. Levine, V. Reuter, S. Singer, B. Singh, N. V. Tien, T. Broudy, C. Mirsaidi, P. Nair, P. Drwiega, J. Miller, J. Smith, H. Zaren, J. W. Park, N. P. Hung, E. Kebebew, W. M. Linehan, A. R. Metwalli, K. Pacak, P. A. Pinto, M. Schiffman, L. S. Schmidt, C. D. Vocke, N. Wentzensen, R. Worrell, H. Yang, M. Moncrieff, C. Goparaju, J. Melamed, H. Pass, N. Botnariuc, I. Caraman, M. Cernat, I. Chemencedji, A. Clipca, S. Doruc, G. Gorincioi, S. Mura, M. Pirtac, I. Stancul, D. Tcaciuc, M. Albert, I. Alexopoulou, A. Arnaout, J. Bartlett, J. Engel, S. Gilbert, J. Parfitt, H. Sekhon, G. Thomas, D. M. Rassl, R. C. Rintoul, C. Bifulco, R. Tamakawa, W. Urba, N. Hayward, H. Timmers, A. Antenucci, F. Facciolo, G. Grazi, M. Marino, R. Merola, R. de Krijger, A. P. Gimenez-Roqueplo, A. Piché, S. Chevalier, G. McKercher, K. Birsoy, G. Barnett, C. Brewer, C. Farver, T. Naska, N. A. Pennell, D. Raymond, C. Schilero, K. Smolenski, F. Williams, C. Morrison, J. A. Borgia, M. J. Liptay, M. Pool, C. W. Seder, K. Junker, L. Omberg, M. Dinkin, G. Manikhas, D. Alvaro, M. C. Bragazzi, V. Cardinale, G. Carpino, E. Gaudio, D. Chesla, S. Cottingham, M. Dubina, F. Moiseenko, R. Dhanasekaran, K. F. Becker, K. P. Janssen, J. Slotta-Huspenina, M. H. Abdel-Rahman, D. Aziz, S. Bell, C. M. Cebulla, A. Davis, R. Duell, J. B. Elder, J. Hilty, B. Kumar, J. Lang, N. L. Lehman, R. Mandt, P. Nguyen, R. Pilarski, K. Rai, L. Schoenfield, K. Senecal, P. Wakely, P. Hansen, R. Lechan, J. Powers, A. Tischler, W. E. Grizzle, K. C. Sexton, A. Kastl, J. Henderson, S. Porten, J. Waldmann, M. Fassnacht, S. L. Asa, D. Schadendorf, M. Couce, M. Graefen, H. Huland, G. Sauter, T. Schlomm, R. Simon, P. Tennstedt, O. Olabode, M. Nelson, O. Bathe, P. R. Carroll, J. M. Chan, P. Disaia, P. Glenn, R. K. Kelley, C. N. Landen, J. Phillips, M. Prados, J. Simko, K. Smith-McCune, S. VandenBerg, K. Roggin, A. Fehrenbach, A. Kendler, S. Sifri, R. Steele, A. Jimeno, F. Carey, I. Forgie, M. Mannelli, M. Carney, B. Hernandez, B. Campos, C. Herold-Mende, C. Jungk, A. Unterberg, A. von Deimling, A. Bossler, J. Galbraith, L. Jacobus, M. Knudson, T. Knutson, D. Ma, M. Milhem, R. Sigmund, A. K. Godwin, R. Madan, H. G. Rosenthal, C. Adebamowo, S. N. Adebamowo, A. Boussioutas, D. Beer, T. Giordano, A. M. Mes-Masson, F. Saad, T. Bocklage, L. Landrum, R. Mannel, K. Moore, K. Moxley, R. Postier, J. Walker, R. Zuna, M. Feldman, F. Valdivieso, R. Dhir, J. Luketich, E. M. M. Pinero, M. Quintero-Aguilo, C. G. Carlotti, J. S. Dos Santos, R. Kemp, A. Sankarankuty, D. Tirapelli, J. Catto, K. Agnew, E. Swisher, J. Creaney, B. Robinson, C. S. Shelley, E. M. Godwin, S. Kendall, C. Shipman, C. Bradford, T. Carey, A. Haddad, J. Moyer, L. Peterson, M. Prince, L. Rozek, G. Wolf, R. Bowman, K. M. Fong, I. Yang, R. Korst, W. K. Rathmell, J. L. Fantacone-Campbell, J. A. Hooke, A. J. Kovatich, C. D. Shriver, J. DiPersio, B. Drake, R. Govindan, S. Heath, T. Ley, B. Van Tine, P. Westervelt, M. A. Rubin, J. Il Lee, N. D. Aredes, A. Mariamidze, A. J. Lazar, J. S. Serody, E. G. Demicco, M. L. Disis, B. G. Vincent, llya Shmulevich, The Immune Landscape of Cancer. Immunity. 48, 812–830.e14 (2018).
Carter SL, Cibulskis K, Helman E, McKenna A, Shen H, Zack T, Laird PW, Onofrio RC, Winckler W, Weir BA, Beroukhim R, Pellman D, Levine DA, Lander ES, Meyerson M, Getz G. Absolute quantification of somatic DNA alterations in human cancer. Nat Biotechnol. 2012;30:413–21.
Article
CAS
Google Scholar
Newman AM, Liu CL, Green MR, Gentles AJ, Feng W, Xu Y, Hoang CD, Diehn M, Alizadeh AA. Robust enumeration of cell subsets from tissue expression profiles. Nat Methods. 2015;12:453–7.
Article
CAS
Google Scholar
Mroz EA, Rocco JW. MATH, a novel measure of intratumor genetic heterogeneity, is high in poor-outcome classes of head and neck squamous cell carcinoma. Oral Oncol. 2013;49:211–5.
Article
CAS
Google Scholar
McGranahan N, Favero F, De Bruin EC, Birkbak NJ, Szallasi Z, Swanton C, De Bruin EC, Birkbak NJ, Szallasi Z, Swanton C, De Bruin EC, Birkbak NJ, Szallasi Z, Swanton C, De Bruin EC, Birkbak NJ, Szallasi Z, Swanton C, De Bruin EC, Birkbak NJ, Szallasi Z, Swanton C, De Bruin EC, Birkbak NJ, Szallasi Z, Swanton C. Clonal status of actionable driver events and the timing of mutational processes in cancer evolution. Sci Transl Med. 2015;7:1–12.
Article
Google Scholar
Aran D, Sirota M, Butte AJ. Systematic pan-cancer analysis of tumour purity. Nat Commun. 2015;6:1–11.
Article
Google Scholar
Kops GJPL, Weaver BAA, Cleveland DW. On the road to cancer: Aneuploidy and the mitotic checkpoint. Nat Rev Cancer. 2005;5:773–85.
Article
CAS
Google Scholar
Genotype T, Expression T. The GTEx Consortium atlas of genetic regulatory effects across human tissues The Genotype Tissue Expression Consortium. 2019. https://doi.org/10.1101/787903.
Article
Google Scholar
GTEx Consortium, Genetic effects on gene expression across human tissues. Nature. 550, 204–213 (2017).
A. Carbone, L. Bernardini, F. Valenzano, I. Bottillo, C. De Simone, R. Capizzi, A. Capalbo, F. Romano, A. Novelli, B. Dallapiccola, P. Amerio, Array-based comparative genomic hybridization in early-stage mycosis fungoides: Recurrent deletion of tumor suppressor genes BCL7A, SMAC/DIABLO , and RHOF. Genes, Chromosom. Cancer. 47, 1067–1075 (2008).
Sondka Z, Bamford S, Cole CG, Ward SA, Dunham I, Forbes SA. The COSMIC Cancer Gene Census: describing genetic dysfunction across all human cancers. Nat Rev Cancer. 2018;18:696–705.
Article
CAS
Google Scholar
Peinado H, Zhang H, Matei IR, Costa-Silva B, Hoshino A, Rodrigues G, Psaila B, Kaplan RN, Bromberg JF, Kang Y, Bissell MJ, Cox TR, Giaccia AJ, Erler JT, Hiratsuka S, Ghajar CM, Lyden D. Pre-metastatic niches: organ-specific homes for metastases. Nat Rev Cancer. 2017;17:302–17.
Article
CAS
Google Scholar