Skip to main content

Table 2 Candidate genes to discriminate between LUAD and LUSC in terms of gene expression levels, functions or prognosis

From: Distinct signatures of lung cancer types: aberrant mucin O-glycosylation and compromised immune response

GENE DEA Mfuzz cluster CEMiTool Module DISEASES OG TSG
MUC5B Up (LUAD)
Down (LUSC)
Cl6(LUAD)
Cl2(LUSC)
M1(LUAD) None None None
HABP2 Up (LUAD)
Down (LUSC)
Cl3(LUAD)
Cl4(LUSC)
M1(LUAD) 3.8 None None
MUC21 Up (LUAD)
Down (LUSC)
Cl2(LUSC) M1(LUAD) 4.0 None None
KCNK5 Up (LUAD)
Down (LUSC)
Cl3(LUAD)
Cl2(LUSC)
M1(LUAD) None None None
ICA1 Up (LUAD)
Down (LUSC)a
Cl6(LUAD)
Cl2(LUSC)
M1(LUSC) 1.9 None None
CSTA Down (LUAD)
Up (LUSC)
Cl4(LUAD)
Cl1(LUSC)
M1(LUSC) 3.5 None TSGDB (CST5, CST6)
P2RY1 Down (LUAD)
Up (LUSC)
Cl4(LUAD)
Cl1(LUSC)
M1(LUSC) 2.2 Moonlight (LUSC, P2RY14)
COSMIC(P2RY8)
None
ANXA8 Down (LUAD)
Up (LUSC)
Cl5(LUSC) M1(LUSC) 2.4 None TSGDB (ANXA1, ANXA7)
FZD7 Up (LUSC) Cl4(LUAD)
Cl1(LUSC)
M2(LUSC) 3.7 ONGENE (FZD2)
Moonlight (LUSC, FZD4)
None
ITGA6 Up (LUSC)c Cl4(LUAD)
Cl1(LUSC)
M1(LUAD) 4.2 ONGENE (ITGA3)
Moonlight (LUSC, ITGA8)
TSGDB (ITGA5,ITGA7, ITGAV)
CHST7 Up (LUSC)b Cl4(LUAD)
Cl1(LUSC)
M2(LUSC) 1.6 None TSGDB (CHST10)
ACOX2 Down (LUSC) Cl2(LUSC) M1(LUAD) 2.2 None None
ALDOC Up (LUSC) Cl1(LUSC) M1(LUAD) 3.9 None None
AQP5 Down (LUSC) Cl4(LUSC) M1(LUAD) None None None
ARSE Up (LUAD)a
Down (LUSC)
Cl2(LUSC) M1(LUAD) None None None
FABP5 Down (LUAD)
Up (LUSC)
Cl4(LUAD)
Cl5(LUSC)
M1(LUSC) None MoonlightL (LUAD,FABP7) TSGDB (FABP3)
SLC2A9 Down (LUAD)a Cl4(DOWN)
Cl5(LUSC)
M1(LUSC) None None None
NRCAM Down (LUAD)a
Up (LUSC)
Cl1(LUSC) M2(LUSC) 2.6 Moonlight (LUSC, OCG) TSGDB
AGR2 Up (LUAD)
Down (LUSC)b
Cl3(LUAD) M1(LUAD) 4.1 None None
SPDEF Up (LUAD)
Down (LUSC)b
Cl1(LUAD)
Cl2(LUSC)
M1(LUAD) 3.6 None None
  1. N.S.’ indicates not significant results. The DISEASES Z-score are provided in the table. a, b, and c indicate a significant DE when the unified recount, the TCGA pair dataset or both are used. We did not find any predicted dual-role genes for any of the candidate genes