Skip to main content

Advertisement

Table 2 Summary of predictive performance using different number of top probes for drug response prediction (five levels) in two studies

From: Predicting multi-level drug response with gene expression profile in multiple myeloma using hierarchical ordinal regression

   10 fold with 10 repeats cross-validation Leave one out cross-validation
Number of top genes Prior Scale Deviance AUC MSE misclassification Deviance AUC MSE misclassification
Mulligan et al. [10] (Five Level Drug response Outcome)
30 0.4 452.868 0.616 0.140 0.204 452.805 0.605 0.140 0.201
50 0.14 441.919 0.632 0.136 0.189 442.235 0.618 0.137 0.194
100 0.14 439.464 0.634 0.136 0.190 438.839 0.625 0.136 0.188
150 0.15 431.669 0.657 0.133 0.185 434.309 0.645 0.134 0.186
200 0.15 425.471 0.673 0.132 0.186 427.950 0.662 0.133 0.189
250 0.15 428.840 0.669 0.133 0.187 431.478 0.661 0.133 0.189
300 0.15 437.913 0.660 0.135 0.189 443.893 0.642 0.137 0.194
350 0.15 425.215 0.690 0.133 0.185 430.448 0.679 0.135 0.186
400 0.09 411.556 0.692 0.130 0.181 407.755 0.690 0.129 0.178
450 0.09 410.313 0.700 0.129 0.179 402.852 0.704 0.127 0.179
500 0.14 426.196 0.705 0.134 0.194 434.344 0.691 0.138 0.209
Terragna et al. [2] (Five Level drug response Outcome)
30 0.95 270.440 0.776 0.126 0.188 266.318 0.780 0.126 0.186
50 0.17 270.285 0.755 0.128 0.195 267.102 0.764 0.127 0.192
100 0.17 267.890 0.757 0.126 0.185 264.300 0.764 0.124 0.183
150 0.26 277.956 0.766 0.129 0.190 276.060 0.770 0.130 0.197
200 0.26 277.353 0.767 0.130 0.187 275.197 0.765 0.130 0.188
250 0.26 274.008 0.775 0.128 0.187 265.904 0.778 0.127 0.169
300 0.23 273.854 0.779 0.128 0.185 268.504 0.779 0.126 0.180
350 0.23 272.087 0.776 0.126 0.174 271.819 0.779 0.124 0.169
400 0.12 264.856 0.769 0.126 0.182 258.087 0.774 0.121 0.173
450 0.16 263.406 0.779 0.124 0.176 258.174 0.785 0.121 0.173
500 0.16 259.613 0.789 0.122 0.166 252.812 0.796 0.118 0.159