Expression of circadian clock genes and proteins in urothelial cancer is related to cancer-associated genes

Litlekalsoy, Jorunn; Rostad, Kari; Kalland, Karl-Henning; Hostmark, Jens G.; Laerum, Ole Didrik

doi:10.1186/s12885-016-2580-y

BMC Cancer

Table 5 Relative gene expression levels of clock genes and common tumour markers from cystectomies (Tumour/Benign-fold change)

From: Expression of circadian clock genes and proteins in urothelial cancer is related to cancer-associated genes

A. Relative mRNA gene expression levels of clock genes and common tumour markers from cystectomies (Tumour/Benign-fold change)
	GENES
Patient sample	BMAL	CLOCK	PER1	PER2	PER3	CRY1	CRY2	CSNK1A1L	CSNK1A1	CSNK1E	TP53	p16	PTEN	EGFR	HRAS	KRAS	NRAS	Upar	PAI-1	KRT7	KRT1	KRT5	KRT10	KRT14
1	1,3	0,8	0,1	0,1	0,3	0,5	0,3	34,8	0,6	0,5	0,7	8,1	0,5	0,8	0,9	0,6	0,9	0,1	0,1	0,5	1,1	0,0	0,1	9,5
2	2,1	1,0	0,9	1,2	0,8	1,5	1,3	0,0	1,3	3,5	2,0	6,3	2,4	0,8	1,9	1,0	2,3	1,6	0,6	83*	0,0	0,3	0,1	311*
3	4,9	3,2	0,4	0,7	5,9	3,9	0,8	3,2	3,2	11,3	0,9	131	1,9	8,7	8,9	2,2	10,1	0,5	0,4	8,8	2,6	477*	5,9	174
4	1,0	1,1	0,2	0,3	0,6	0,4	0,7	37,1	0,6	0,3	2,2	0,9	0,7	1,5	2,5	1,3	1,9	0,6	0,2	18,9	1,0	4,0	0,6	970*
5	1,3	1,2	0,5	0,3	0,8	0,7	0,5	0,1	0,4	0,5	0,8	0,6	0,7	0,5	0,5	1,3	0,9	0,2	0,3	0,0	1,3	0,1	0,0	0,3
6	3,6	1,6	1,4	0,5	0,7	2,3	1,2	177	1,3	3,0	2,9	88,0	0,8	1,0	2,2	1,5	7,9	6,8	3,1	8,1	0,1	17,4	4,5	110
7	1,4	2,3	0,9	1,0	0,9	2,4	1,0	0,0	1,3	7,4	1,9	1,1	0,7	1,1	1,3	1,2	2,5	1,2	3,8	13,8	0,7	2,8	8,4	0,8
8	2,8	2,1	0,0	0,6	1,6	2,8	3,1	6,6	1,9	8,5	1,8	12,9	39,0	2,2	0,2	3,0	2,8	0,4	0,2	129*	0,7	0,2	8,4	0,0
9	0,5	1,3	1,7	0,4	5,9	1,0	2,2	0,2	0,7	0,4	0,6	0,2	0,4	0,8	0,6	0,5	0,3	0,3	0,3	1,4	0,6	0,0	0,1	0,0
10	0,6	0,3	0,3	0,2	0,8	1,4	0,6	169	0,5	0,4	1,3	0,0	1,1	3,0	0,8	0,6	1,9	0,6	0,5	0,4	64,7	1,8	0,4	71,9
11	1,5	1,3	0,6	1,0	1,0	0,9	1,1	0,3	1,0	1,2	3,4	24,0	1,2	1,7	2,2	1,5	2,6	0,9	0,4	38,9	2,0	6,7	18,0	5,7
12	4,3	1,7	0,8	0,4	0,6	0,6	0,4	0,0	1,5	1,9	3,6	1,3	4,0	1,1	5,2	1,9	3,3	1,7	0,8	29,0	0,9	31,2	16,8	19.1
13	4,1	1,0	2,0	1,7	0,5	1,3	1,5	1,5	0,9	0,5	2,8	3,9	5,7	0,6	1,8	2,1	3,4	11,2	25,3	25,1	10,1	106*	628*	72,3
14	1,1	0,3	0,1	0,3	0,4	0,0	0,1	0,0	0,2	0,2	0,4	2,6	1,9	0,1	0,3	0,6	0,3	0,0	0,0	0,7	0,0	0,1	12,2	0,5
15	3,6	2,2	0,3	0,4	1,6	1,4	1,3	6,2	1,3	1,8	4,0	7,9	2,6	2,0	2,0	2,7	2,3	0,7	2,5	16,0	0,8	0,2	2,4	27,1
16	0,8	0,7	0,3	0,4	0,4	0,6	0,6	0,6	1,8	0,8	0,9	0,8	0,8	1,2	2,9	1,1	0,8	0,2	0,5	15,5	0,0	0,6	0,4	0,6
17	2,3	1,2	0,2	0,5	1,3	2,0	0,9	0,1	0,8	0,9	3,3	1,9	0,8	3,8	2,7	1,6	2,0	0,3	0,4	47,4	0,0	0,8	0,2	25,0
18	1,9	1,8	0,2	0,2	0,2	1,5	0,2	1,2	1,1	1,0	3,0	84,0	0,7	3,4	1,8	1,5	3,9	0,8	0,4	5,3	1,3	40*	0,1	4535*
19	0,8	0,4	0,3	0,3	0,3	0,7	0,6	0,6	0,7	0,5	1,2	10,0	1,1	4,2	3,2	0,7	1,2	0,9	2,8	1598*	0,4	7,9	1172*	633*
20	2,0	2,8	0,6	0,3	0,9	0,6	0,8	0,0	1,0	1,0	3,4	1,9	1,0	0,6	1,3	2,6	1,6	0,5	0,4	3,4	0,5	0,1	0,0	3,1
21	0,5	1,2	0,7	0,5	0,7	1,5	1,0	0,4	0,8	0,7	1,9	1,3	0,9	2,1	1,9	1,6	1,5	0,5	0,8	17,9	0,1	0,1	21,1	8,0
22	0,8	0,8	0,7	0,3	0,1	1,0	0,6	0,0	1,2	2,4	4,3	4,2	1,9	2,8	2,2	1,1	2,3	1,2	2,1	7,8	0,7	0,3	0,1	225
23	0,5	1,3	1,7	0,4	5,9	1,0	2,2	0,2	0,7	0,4	0,6	0,2	0,4	0,6	0,6	0,5	0,3	0,3	0,3	1,4	0,6	0,0	0,1	0,0
24	1,2	1,1	0,4	0,7	0,3	0,3	0,3	1,1	1,1	0,8	1,4	0,3	0,9	1,7	1,2	1,5	1,1	0,4	0,6	0,0	23,3	12,1	29,8	9,2
25	2,6	1,1	0,5	0,6	1,3	0,5	0,5	21,9	1,2	1,7	1,6	1,7	1,1	0,8	1,7	1,1	1,4	0,9	0,7	1,9	1,0	0,0	1,4	1,4
26	1,0	0,7	0,5	1,5	0,2	0,7	0,4	0,0	1,7	1,0	1,3	1,2	4,7	0,4	0,7	0,9	0,8	1,4	2,3	51,5	0,8	34,4	11,0	0,6
27	1,0	0,7	0,1	1,0	0,0	0,4	0,2	27,9	2,5	2,3	3,8	0,7	7,6	1,4	3,4	1,5	2,3	1,5	11,6	730*	0,5	135*	212*	65,1
B. Average T/B fold change in mRNA gene expression of genes upregulated and downregulated in 27 cystectomy patients
Number of patients	17	17	4	3	7	11	8	13	13	11	20	19	14	16	19	19	20	8	8	22	8	13	15	19
Average up-regulation	2,47	1,67	1,70	1,50	3,34	1,99	1,72	37,63	1,57	4,08	2,56	20,69	5,44	2,60	2,65	1,69	2,91	3,32	6,69	129,69	13,30	67,51	143,45	382,79
st.dev	1,2	0,6	0,2	0,2	2,4	0,8	0,7	61,5	0,6	3,4	1,0	37,2	9,9	1,9	1,8	0,6	2,2	3,7	8,2	361,9	22,1	129,9	328,1	1036,3
Number of patients	7	8	23	21	19	13	17	14	12	13	7	8	12	10	8	7	7	19	19	5	17	14	12	8
Average up-regulation	0,64	0,60	0,41	0,39	0,50	0,53	0,49	0,13	0,65	0,54	0,69	0,48	0,69	0,60	0,58	0,64	0,63	0,48	0,42	0,33	0,44	0,21	0,19	0,33
st.dev	0,2	0,2	0,3	0,2	0,3	0,2	0,2	0,2	0,2	0,2	0,2	0,3	0,2	0,2	0,2	0,1	0,3	0,3	0,2	0,3	0,3	0,2	0,2	0,3
B2. Average T/B fold change in mRNA gene expression of genes upregulated and downregulated in 27 cystectomy patients. Patient samples identified as outliers by SPSS for respective gene assys have been excluded from the analysis (*)
Number of patients	17	17	4	3	7	11	8	13	13	11	20	19	14	16	19	19	20	8	8	22	8	13	15	19
Average up-regulation	2,47	1,67	1,70	1,50	3,34	1,99	1,72	37,63	1,57	4,08	2,56	20,69	5,44	2,60	2,65	1,69	2,91	3,32	6,69	129,69	13,30	67,51	143,45	382,79
st.dev	1,2	0,6	0,2	0,2	2,4	0,8	0,7	61,5	0,6	3,4	1,0	37,2	9,9	1,9	1,8	0,6	2,2	3,7	8,2	361,9	22,1	129,9	328,1	1036,3
Number of patients	7	8	23	21	19	13	17	14	12	13	7	8	12	10	8	7	7	19	19	5	17	14	12	8
Average up-regulation	0,64	0,60	0,41	0,39	0,50	0,53	0,49	0,13	0,65	0,54	0,69	0,48	0,69	0,60	0,58	0,64	0,63	0,48	0,42	0,33	0,44	0,21	0,19	0,33
st.dev	0,2	0,2	0,3	0,2	0,3	0,2	0,2	0,2	0,2	0,2	0,2	0,3	0,2	0,2	0,2	0,1	0,3	0,3	0,2	0,3	0,3	0,2	0,2	0,3
C. Average T/B fold change in mRNA gene expression in aneuploid and diploid patient tumour samples
Aneuploid (19 patients)
Average	1,9	1,3	0,6	0,6	1,2	1,2	0,8	12,3	1,2	2,1	2,2	13,7	2,0	2,1	2,4	1,4	2,3	1,3	2,9	137	5,7	43	111	325
st.dev	1,4	0,8	0,5	0,4	1,7	0,9	0,5	38,6	0,7	2,8	1,3	34,1	1,9	2,0	1,9	0,6	2,1	2,5	6,0	390	15,3	112	126	1032
Diploid (8 patients)
Average	1,6	1,3	0,6	0,6	1,4	1,2	1,2	32,1	1,0	1,9	1,7	17,0	6,0	1,1	1,2	1,3	2,3	1,3	0,9	31,1	0,9	7,9	5,4	137
st.dev	1,0	0,4	0,6	0,5	1,9	0,9	1,0	60,8	0,5	2,8	1,0	29,9	13,4	0,6	0,9	0,8	2,4	2,2	1,2	44,0	0,6	12,3	5,6	339

^*Gene expression levels identified as outliers by SPSS statistical analysis

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ISSN: 1471-2407

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