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Table 5 Relative gene expression levels of clock genes and common tumour markers from cystectomies (Tumour/Benign-fold change)

From: Expression of circadian clock genes and proteins in urothelial cancer is related to cancer-associated genes

A. Relative mRNA gene expression levels of clock genes and common tumour markers from cystectomies (Tumour/Benign-fold change)
  GENES
Patient sample BMAL CLOCK PER1 PER2 PER3 CRY1 CRY2 CSNK1A1L CSNK1A1 CSNK1E TP53 p16 PTEN EGFR HRAS KRAS NRAS Upar PAI-1 KRT7 KRT1 KRT5 KRT10 KRT14
 1 1,3 0,8 0,1 0,1 0,3 0,5 0,3 34,8 0,6 0,5 0,7 8,1 0,5 0,8 0,9 0,6 0,9 0,1 0,1 0,5 1,1 0,0 0,1 9,5
 2 2,1 1,0 0,9 1,2 0,8 1,5 1,3 0,0 1,3 3,5 2,0 6,3 2,4 0,8 1,9 1,0 2,3 1,6 0,6 83* 0,0 0,3 0,1 311*
 3 4,9 3,2 0,4 0,7 5,9 3,9 0,8 3,2 3,2 11,3 0,9 131 1,9 8,7 8,9 2,2 10,1 0,5 0,4 8,8 2,6 477* 5,9 174
 4 1,0 1,1 0,2 0,3 0,6 0,4 0,7 37,1 0,6 0,3 2,2 0,9 0,7 1,5 2,5 1,3 1,9 0,6 0,2 18,9 1,0 4,0 0,6 970*
 5 1,3 1,2 0,5 0,3 0,8 0,7 0,5 0,1 0,4 0,5 0,8 0,6 0,7 0,5 0,5 1,3 0,9 0,2 0,3 0,0 1,3 0,1 0,0 0,3
 6 3,6 1,6 1,4 0,5 0,7 2,3 1,2 177 1,3 3,0 2,9 88,0 0,8 1,0 2,2 1,5 7,9 6,8 3,1 8,1 0,1 17,4 4,5 110
 7 1,4 2,3 0,9 1,0 0,9 2,4 1,0 0,0 1,3 7,4 1,9 1,1 0,7 1,1 1,3 1,2 2,5 1,2 3,8 13,8 0,7 2,8 8,4 0,8
 8 2,8 2,1 0,0 0,6 1,6 2,8 3,1 6,6 1,9 8,5 1,8 12,9 39,0 2,2 0,2 3,0 2,8 0,4 0,2 129* 0,7 0,2 8,4 0,0
 9 0,5 1,3 1,7 0,4 5,9 1,0 2,2 0,2 0,7 0,4 0,6 0,2 0,4 0,8 0,6 0,5 0,3 0,3 0,3 1,4 0,6 0,0 0,1 0,0
 10 0,6 0,3 0,3 0,2 0,8 1,4 0,6 169 0,5 0,4 1,3 0,0 1,1 3,0 0,8 0,6 1,9 0,6 0,5 0,4 64,7 1,8 0,4 71,9
 11 1,5 1,3 0,6 1,0 1,0 0,9 1,1 0,3 1,0 1,2 3,4 24,0 1,2 1,7 2,2 1,5 2,6 0,9 0,4 38,9 2,0 6,7 18,0 5,7
 12 4,3 1,7 0,8 0,4 0,6 0,6 0,4 0,0 1,5 1,9 3,6 1,3 4,0 1,1 5,2 1,9 3,3 1,7 0,8 29,0 0,9 31,2 16,8 19.1
 13 4,1 1,0 2,0 1,7 0,5 1,3 1,5 1,5 0,9 0,5 2,8 3,9 5,7 0,6 1,8 2,1 3,4 11,2 25,3 25,1 10,1 106* 628* 72,3
 14 1,1 0,3 0,1 0,3 0,4 0,0 0,1 0,0 0,2 0,2 0,4 2,6 1,9 0,1 0,3 0,6 0,3 0,0 0,0 0,7 0,0 0,1 12,2 0,5
 15 3,6 2,2 0,3 0,4 1,6 1,4 1,3 6,2 1,3 1,8 4,0 7,9 2,6 2,0 2,0 2,7 2,3 0,7 2,5 16,0 0,8 0,2 2,4 27,1
 16 0,8 0,7 0,3 0,4 0,4 0,6 0,6 0,6 1,8 0,8 0,9 0,8 0,8 1,2 2,9 1,1 0,8 0,2 0,5 15,5 0,0 0,6 0,4 0,6
 17 2,3 1,2 0,2 0,5 1,3 2,0 0,9 0,1 0,8 0,9 3,3 1,9 0,8 3,8 2,7 1,6 2,0 0,3 0,4 47,4 0,0 0,8 0,2 25,0
 18 1,9 1,8 0,2 0,2 0,2 1,5 0,2 1,2 1,1 1,0 3,0 84,0 0,7 3,4 1,8 1,5 3,9 0,8 0,4 5,3 1,3 40* 0,1 4535*
 19 0,8 0,4 0,3 0,3 0,3 0,7 0,6 0,6 0,7 0,5 1,2 10,0 1,1 4,2 3,2 0,7 1,2 0,9 2,8 1598* 0,4 7,9 1172* 633*
 20 2,0 2,8 0,6 0,3 0,9 0,6 0,8 0,0 1,0 1,0 3,4 1,9 1,0 0,6 1,3 2,6 1,6 0,5 0,4 3,4 0,5 0,1 0,0 3,1
 21 0,5 1,2 0,7 0,5 0,7 1,5 1,0 0,4 0,8 0,7 1,9 1,3 0,9 2,1 1,9 1,6 1,5 0,5 0,8 17,9 0,1 0,1 21,1 8,0
 22 0,8 0,8 0,7 0,3 0,1 1,0 0,6 0,0 1,2 2,4 4,3 4,2 1,9 2,8 2,2 1,1 2,3 1,2 2,1 7,8 0,7 0,3 0,1 225
 23 0,5 1,3 1,7 0,4 5,9 1,0 2,2 0,2 0,7 0,4 0,6 0,2 0,4 0,6 0,6 0,5 0,3 0,3 0,3 1,4 0,6 0,0 0,1 0,0
 24 1,2 1,1 0,4 0,7 0,3 0,3 0,3 1,1 1,1 0,8 1,4 0,3 0,9 1,7 1,2 1,5 1,1 0,4 0,6 0,0 23,3 12,1 29,8 9,2
 25 2,6 1,1 0,5 0,6 1,3 0,5 0,5 21,9 1,2 1,7 1,6 1,7 1,1 0,8 1,7 1,1 1,4 0,9 0,7 1,9 1,0 0,0 1,4 1,4
 26 1,0 0,7 0,5 1,5 0,2 0,7 0,4 0,0 1,7 1,0 1,3 1,2 4,7 0,4 0,7 0,9 0,8 1,4 2,3 51,5 0,8 34,4 11,0 0,6
 27 1,0 0,7 0,1 1,0 0,0 0,4 0,2 27,9 2,5 2,3 3,8 0,7 7,6 1,4 3,4 1,5 2,3 1,5 11,6 730* 0,5 135* 212* 65,1
B. Average T/B fold change in mRNA gene expression of genes upregulated and downregulated in 27 cystectomy patients
 Number of patients 17 17 4 3 7 11 8 13 13 11 20 19 14 16 19 19 20 8 8 22 8 13 15 19
 Average up-regulation 2,47 1,67 1,70 1,50 3,34 1,99 1,72 37,63 1,57 4,08 2,56 20,69 5,44 2,60 2,65 1,69 2,91 3,32 6,69 129,69 13,30 67,51 143,45 382,79
 st.dev 1,2 0,6 0,2 0,2 2,4 0,8 0,7 61,5 0,6 3,4 1,0 37,2 9,9 1,9 1,8 0,6 2,2 3,7 8,2 361,9 22,1 129,9 328,1 1036,3
 Number of patients 7 8 23 21 19 13 17 14 12 13 7 8 12 10 8 7 7 19 19 5 17 14 12 8
 Average up-regulation 0,64 0,60 0,41 0,39 0,50 0,53 0,49 0,13 0,65 0,54 0,69 0,48 0,69 0,60 0,58 0,64 0,63 0,48 0,42 0,33 0,44 0,21 0,19 0,33
 st.dev 0,2 0,2 0,3 0,2 0,3 0,2 0,2 0,2 0,2 0,2 0,2 0,3 0,2 0,2 0,2 0,1 0,3 0,3 0,2 0,3 0,3 0,2 0,2 0,3
B2. Average T/B fold change in mRNA gene expression of genes upregulated and downregulated in 27 cystectomy patients. Patient samples identified as outliers by SPSS for respective gene assys have been excluded from the analysis (*)
 Number of patients 17 17 4 3 7 11 8 13 13 11 20 19 14 16 19 19 20 8 8 22 8 13 15 19
 Average up-regulation 2,47 1,67 1,70 1,50 3,34 1,99 1,72 37,63 1,57 4,08 2,56 20,69 5,44 2,60 2,65 1,69 2,91 3,32 6,69 129,69 13,30 67,51 143,45 382,79
 st.dev 1,2 0,6 0,2 0,2 2,4 0,8 0,7 61,5 0,6 3,4 1,0 37,2 9,9 1,9 1,8 0,6 2,2 3,7 8,2 361,9 22,1 129,9 328,1 1036,3
 Number of patients 7 8 23 21 19 13 17 14 12 13 7 8 12 10 8 7 7 19 19 5 17 14 12 8
 Average up-regulation 0,64 0,60 0,41 0,39 0,50 0,53 0,49 0,13 0,65 0,54 0,69 0,48 0,69 0,60 0,58 0,64 0,63 0,48 0,42 0,33 0,44 0,21 0,19 0,33
 st.dev 0,2 0,2 0,3 0,2 0,3 0,2 0,2 0,2 0,2 0,2 0,2 0,3 0,2 0,2 0,2 0,1 0,3 0,3 0,2 0,3 0,3 0,2 0,2 0,3
C. Average T/B fold change in mRNA gene expression in aneuploid and diploid patient tumour samples
 Aneuploid (19 patients)
  Average 1,9 1,3 0,6 0,6 1,2 1,2 0,8 12,3 1,2 2,1 2,2 13,7 2,0 2,1 2,4 1,4 2,3 1,3 2,9 137 5,7 43 111 325
  st.dev 1,4 0,8 0,5 0,4 1,7 0,9 0,5 38,6 0,7 2,8 1,3 34,1 1,9 2,0 1,9 0,6 2,1 2,5 6,0 390 15,3 112 126 1032
 Diploid (8 patients)
  Average 1,6 1,3 0,6 0,6 1,4 1,2 1,2 32,1 1,0 1,9 1,7 17,0 6,0 1,1 1,2 1,3 2,3 1,3 0,9 31,1 0,9 7,9 5,4 137
  st.dev 1,0 0,4 0,6 0,5 1,9 0,9 1,0 60,8 0,5 2,8 1,0 29,9 13,4 0,6 0,9 0,8 2,4 2,2 1,2 44,0 0,6 12,3 5,6 339
  1. *Gene expression levels identified as outliers by SPSS statistical analysis