A. Relative mRNA gene expression levels of clock genes and common tumour markers from cystectomies (Tumour/Benign-fold change) | ||||||||||||||||||||||||
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GENES | ||||||||||||||||||||||||
Patient sample | BMAL | CLOCK | PER1 | PER2 | PER3 | CRY1 | CRY2 | CSNK1A1L | CSNK1A1 | CSNK1E | TP53 | p16 | PTEN | EGFR | HRAS | KRAS | NRAS | Upar | PAI-1 | KRT7 | KRT1 | KRT5 | KRT10 | KRT14 |
1 | 1,3 | 0,8 | 0,1 | 0,1 | 0,3 | 0,5 | 0,3 | 34,8 | 0,6 | 0,5 | 0,7 | 8,1 | 0,5 | 0,8 | 0,9 | 0,6 | 0,9 | 0,1 | 0,1 | 0,5 | 1,1 | 0,0 | 0,1 | 9,5 |
2 | 2,1 | 1,0 | 0,9 | 1,2 | 0,8 | 1,5 | 1,3 | 0,0 | 1,3 | 3,5 | 2,0 | 6,3 | 2,4 | 0,8 | 1,9 | 1,0 | 2,3 | 1,6 | 0,6 | 83* | 0,0 | 0,3 | 0,1 | 311* |
3 | 4,9 | 3,2 | 0,4 | 0,7 | 5,9 | 3,9 | 0,8 | 3,2 | 3,2 | 11,3 | 0,9 | 131 | 1,9 | 8,7 | 8,9 | 2,2 | 10,1 | 0,5 | 0,4 | 8,8 | 2,6 | 477* | 5,9 | 174 |
4 | 1,0 | 1,1 | 0,2 | 0,3 | 0,6 | 0,4 | 0,7 | 37,1 | 0,6 | 0,3 | 2,2 | 0,9 | 0,7 | 1,5 | 2,5 | 1,3 | 1,9 | 0,6 | 0,2 | 18,9 | 1,0 | 4,0 | 0,6 | 970* |
5 | 1,3 | 1,2 | 0,5 | 0,3 | 0,8 | 0,7 | 0,5 | 0,1 | 0,4 | 0,5 | 0,8 | 0,6 | 0,7 | 0,5 | 0,5 | 1,3 | 0,9 | 0,2 | 0,3 | 0,0 | 1,3 | 0,1 | 0,0 | 0,3 |
6 | 3,6 | 1,6 | 1,4 | 0,5 | 0,7 | 2,3 | 1,2 | 177 | 1,3 | 3,0 | 2,9 | 88,0 | 0,8 | 1,0 | 2,2 | 1,5 | 7,9 | 6,8 | 3,1 | 8,1 | 0,1 | 17,4 | 4,5 | 110 |
7 | 1,4 | 2,3 | 0,9 | 1,0 | 0,9 | 2,4 | 1,0 | 0,0 | 1,3 | 7,4 | 1,9 | 1,1 | 0,7 | 1,1 | 1,3 | 1,2 | 2,5 | 1,2 | 3,8 | 13,8 | 0,7 | 2,8 | 8,4 | 0,8 |
8 | 2,8 | 2,1 | 0,0 | 0,6 | 1,6 | 2,8 | 3,1 | 6,6 | 1,9 | 8,5 | 1,8 | 12,9 | 39,0 | 2,2 | 0,2 | 3,0 | 2,8 | 0,4 | 0,2 | 129* | 0,7 | 0,2 | 8,4 | 0,0 |
9 | 0,5 | 1,3 | 1,7 | 0,4 | 5,9 | 1,0 | 2,2 | 0,2 | 0,7 | 0,4 | 0,6 | 0,2 | 0,4 | 0,8 | 0,6 | 0,5 | 0,3 | 0,3 | 0,3 | 1,4 | 0,6 | 0,0 | 0,1 | 0,0 |
10 | 0,6 | 0,3 | 0,3 | 0,2 | 0,8 | 1,4 | 0,6 | 169 | 0,5 | 0,4 | 1,3 | 0,0 | 1,1 | 3,0 | 0,8 | 0,6 | 1,9 | 0,6 | 0,5 | 0,4 | 64,7 | 1,8 | 0,4 | 71,9 |
11 | 1,5 | 1,3 | 0,6 | 1,0 | 1,0 | 0,9 | 1,1 | 0,3 | 1,0 | 1,2 | 3,4 | 24,0 | 1,2 | 1,7 | 2,2 | 1,5 | 2,6 | 0,9 | 0,4 | 38,9 | 2,0 | 6,7 | 18,0 | 5,7 |
12 | 4,3 | 1,7 | 0,8 | 0,4 | 0,6 | 0,6 | 0,4 | 0,0 | 1,5 | 1,9 | 3,6 | 1,3 | 4,0 | 1,1 | 5,2 | 1,9 | 3,3 | 1,7 | 0,8 | 29,0 | 0,9 | 31,2 | 16,8 | 19.1 |
13 | 4,1 | 1,0 | 2,0 | 1,7 | 0,5 | 1,3 | 1,5 | 1,5 | 0,9 | 0,5 | 2,8 | 3,9 | 5,7 | 0,6 | 1,8 | 2,1 | 3,4 | 11,2 | 25,3 | 25,1 | 10,1 | 106* | 628* | 72,3 |
14 | 1,1 | 0,3 | 0,1 | 0,3 | 0,4 | 0,0 | 0,1 | 0,0 | 0,2 | 0,2 | 0,4 | 2,6 | 1,9 | 0,1 | 0,3 | 0,6 | 0,3 | 0,0 | 0,0 | 0,7 | 0,0 | 0,1 | 12,2 | 0,5 |
15 | 3,6 | 2,2 | 0,3 | 0,4 | 1,6 | 1,4 | 1,3 | 6,2 | 1,3 | 1,8 | 4,0 | 7,9 | 2,6 | 2,0 | 2,0 | 2,7 | 2,3 | 0,7 | 2,5 | 16,0 | 0,8 | 0,2 | 2,4 | 27,1 |
16 | 0,8 | 0,7 | 0,3 | 0,4 | 0,4 | 0,6 | 0,6 | 0,6 | 1,8 | 0,8 | 0,9 | 0,8 | 0,8 | 1,2 | 2,9 | 1,1 | 0,8 | 0,2 | 0,5 | 15,5 | 0,0 | 0,6 | 0,4 | 0,6 |
17 | 2,3 | 1,2 | 0,2 | 0,5 | 1,3 | 2,0 | 0,9 | 0,1 | 0,8 | 0,9 | 3,3 | 1,9 | 0,8 | 3,8 | 2,7 | 1,6 | 2,0 | 0,3 | 0,4 | 47,4 | 0,0 | 0,8 | 0,2 | 25,0 |
18 | 1,9 | 1,8 | 0,2 | 0,2 | 0,2 | 1,5 | 0,2 | 1,2 | 1,1 | 1,0 | 3,0 | 84,0 | 0,7 | 3,4 | 1,8 | 1,5 | 3,9 | 0,8 | 0,4 | 5,3 | 1,3 | 40* | 0,1 | 4535* |
19 | 0,8 | 0,4 | 0,3 | 0,3 | 0,3 | 0,7 | 0,6 | 0,6 | 0,7 | 0,5 | 1,2 | 10,0 | 1,1 | 4,2 | 3,2 | 0,7 | 1,2 | 0,9 | 2,8 | 1598* | 0,4 | 7,9 | 1172* | 633* |
20 | 2,0 | 2,8 | 0,6 | 0,3 | 0,9 | 0,6 | 0,8 | 0,0 | 1,0 | 1,0 | 3,4 | 1,9 | 1,0 | 0,6 | 1,3 | 2,6 | 1,6 | 0,5 | 0,4 | 3,4 | 0,5 | 0,1 | 0,0 | 3,1 |
21 | 0,5 | 1,2 | 0,7 | 0,5 | 0,7 | 1,5 | 1,0 | 0,4 | 0,8 | 0,7 | 1,9 | 1,3 | 0,9 | 2,1 | 1,9 | 1,6 | 1,5 | 0,5 | 0,8 | 17,9 | 0,1 | 0,1 | 21,1 | 8,0 |
22 | 0,8 | 0,8 | 0,7 | 0,3 | 0,1 | 1,0 | 0,6 | 0,0 | 1,2 | 2,4 | 4,3 | 4,2 | 1,9 | 2,8 | 2,2 | 1,1 | 2,3 | 1,2 | 2,1 | 7,8 | 0,7 | 0,3 | 0,1 | 225 |
23 | 0,5 | 1,3 | 1,7 | 0,4 | 5,9 | 1,0 | 2,2 | 0,2 | 0,7 | 0,4 | 0,6 | 0,2 | 0,4 | 0,6 | 0,6 | 0,5 | 0,3 | 0,3 | 0,3 | 1,4 | 0,6 | 0,0 | 0,1 | 0,0 |
24 | 1,2 | 1,1 | 0,4 | 0,7 | 0,3 | 0,3 | 0,3 | 1,1 | 1,1 | 0,8 | 1,4 | 0,3 | 0,9 | 1,7 | 1,2 | 1,5 | 1,1 | 0,4 | 0,6 | 0,0 | 23,3 | 12,1 | 29,8 | 9,2 |
25 | 2,6 | 1,1 | 0,5 | 0,6 | 1,3 | 0,5 | 0,5 | 21,9 | 1,2 | 1,7 | 1,6 | 1,7 | 1,1 | 0,8 | 1,7 | 1,1 | 1,4 | 0,9 | 0,7 | 1,9 | 1,0 | 0,0 | 1,4 | 1,4 |
26 | 1,0 | 0,7 | 0,5 | 1,5 | 0,2 | 0,7 | 0,4 | 0,0 | 1,7 | 1,0 | 1,3 | 1,2 | 4,7 | 0,4 | 0,7 | 0,9 | 0,8 | 1,4 | 2,3 | 51,5 | 0,8 | 34,4 | 11,0 | 0,6 |
27 | 1,0 | 0,7 | 0,1 | 1,0 | 0,0 | 0,4 | 0,2 | 27,9 | 2,5 | 2,3 | 3,8 | 0,7 | 7,6 | 1,4 | 3,4 | 1,5 | 2,3 | 1,5 | 11,6 | 730* | 0,5 | 135* | 212* | 65,1 |
B. Average T/B fold change in mRNA gene expression of genes upregulated and downregulated in 27 cystectomy patients | ||||||||||||||||||||||||
Number of patients | 17 | 17 | 4 | 3 | 7 | 11 | 8 | 13 | 13 | 11 | 20 | 19 | 14 | 16 | 19 | 19 | 20 | 8 | 8 | 22 | 8 | 13 | 15 | 19 |
Average up-regulation | 2,47 | 1,67 | 1,70 | 1,50 | 3,34 | 1,99 | 1,72 | 37,63 | 1,57 | 4,08 | 2,56 | 20,69 | 5,44 | 2,60 | 2,65 | 1,69 | 2,91 | 3,32 | 6,69 | 129,69 | 13,30 | 67,51 | 143,45 | 382,79 |
st.dev | 1,2 | 0,6 | 0,2 | 0,2 | 2,4 | 0,8 | 0,7 | 61,5 | 0,6 | 3,4 | 1,0 | 37,2 | 9,9 | 1,9 | 1,8 | 0,6 | 2,2 | 3,7 | 8,2 | 361,9 | 22,1 | 129,9 | 328,1 | 1036,3 |
Number of patients | 7 | 8 | 23 | 21 | 19 | 13 | 17 | 14 | 12 | 13 | 7 | 8 | 12 | 10 | 8 | 7 | 7 | 19 | 19 | 5 | 17 | 14 | 12 | 8 |
Average up-regulation | 0,64 | 0,60 | 0,41 | 0,39 | 0,50 | 0,53 | 0,49 | 0,13 | 0,65 | 0,54 | 0,69 | 0,48 | 0,69 | 0,60 | 0,58 | 0,64 | 0,63 | 0,48 | 0,42 | 0,33 | 0,44 | 0,21 | 0,19 | 0,33 |
st.dev | 0,2 | 0,2 | 0,3 | 0,2 | 0,3 | 0,2 | 0,2 | 0,2 | 0,2 | 0,2 | 0,2 | 0,3 | 0,2 | 0,2 | 0,2 | 0,1 | 0,3 | 0,3 | 0,2 | 0,3 | 0,3 | 0,2 | 0,2 | 0,3 |
B2. Average T/B fold change in mRNA gene expression of genes upregulated and downregulated in 27 cystectomy patients. Patient samples identified as outliers by SPSS for respective gene assys have been excluded from the analysis (*) | ||||||||||||||||||||||||
Number of patients | 17 | 17 | 4 | 3 | 7 | 11 | 8 | 13 | 13 | 11 | 20 | 19 | 14 | 16 | 19 | 19 | 20 | 8 | 8 | 22 | 8 | 13 | 15 | 19 |
Average up-regulation | 2,47 | 1,67 | 1,70 | 1,50 | 3,34 | 1,99 | 1,72 | 37,63 | 1,57 | 4,08 | 2,56 | 20,69 | 5,44 | 2,60 | 2,65 | 1,69 | 2,91 | 3,32 | 6,69 | 129,69 | 13,30 | 67,51 | 143,45 | 382,79 |
st.dev | 1,2 | 0,6 | 0,2 | 0,2 | 2,4 | 0,8 | 0,7 | 61,5 | 0,6 | 3,4 | 1,0 | 37,2 | 9,9 | 1,9 | 1,8 | 0,6 | 2,2 | 3,7 | 8,2 | 361,9 | 22,1 | 129,9 | 328,1 | 1036,3 |
Number of patients | 7 | 8 | 23 | 21 | 19 | 13 | 17 | 14 | 12 | 13 | 7 | 8 | 12 | 10 | 8 | 7 | 7 | 19 | 19 | 5 | 17 | 14 | 12 | 8 |
Average up-regulation | 0,64 | 0,60 | 0,41 | 0,39 | 0,50 | 0,53 | 0,49 | 0,13 | 0,65 | 0,54 | 0,69 | 0,48 | 0,69 | 0,60 | 0,58 | 0,64 | 0,63 | 0,48 | 0,42 | 0,33 | 0,44 | 0,21 | 0,19 | 0,33 |
st.dev | 0,2 | 0,2 | 0,3 | 0,2 | 0,3 | 0,2 | 0,2 | 0,2 | 0,2 | 0,2 | 0,2 | 0,3 | 0,2 | 0,2 | 0,2 | 0,1 | 0,3 | 0,3 | 0,2 | 0,3 | 0,3 | 0,2 | 0,2 | 0,3 |
C. Average T/B fold change in mRNA gene expression in aneuploid and diploid patient tumour samples | ||||||||||||||||||||||||
Aneuploid (19 patients) | ||||||||||||||||||||||||
Average | 1,9 | 1,3 | 0,6 | 0,6 | 1,2 | 1,2 | 0,8 | 12,3 | 1,2 | 2,1 | 2,2 | 13,7 | 2,0 | 2,1 | 2,4 | 1,4 | 2,3 | 1,3 | 2,9 | 137 | 5,7 | 43 | 111 | 325 |
st.dev | 1,4 | 0,8 | 0,5 | 0,4 | 1,7 | 0,9 | 0,5 | 38,6 | 0,7 | 2,8 | 1,3 | 34,1 | 1,9 | 2,0 | 1,9 | 0,6 | 2,1 | 2,5 | 6,0 | 390 | 15,3 | 112 | 126 | 1032 |
Diploid (8 patients) | ||||||||||||||||||||||||
Average | 1,6 | 1,3 | 0,6 | 0,6 | 1,4 | 1,2 | 1,2 | 32,1 | 1,0 | 1,9 | 1,7 | 17,0 | 6,0 | 1,1 | 1,2 | 1,3 | 2,3 | 1,3 | 0,9 | 31,1 | 0,9 | 7,9 | 5,4 | 137 |
st.dev | 1,0 | 0,4 | 0,6 | 0,5 | 1,9 | 0,9 | 1,0 | 60,8 | 0,5 | 2,8 | 1,0 | 29,9 | 13,4 | 0,6 | 0,9 | 0,8 | 2,4 | 2,2 | 1,2 | 44,0 | 0,6 | 12,3 | 5,6 | 339 |