Skip to main content

Advertisement

Table 5 Genotype distribution in samples cross-reacting to low-risk genotypes

From: Cross-reactivity profiles of hybrid capture II, cobas, and APTIMA human papillomavirus assays: split-sample study

Genotype Phylogenetic clade High-risk genotypes in the same phylogenetic clade HC2 cobas APTIMA
Single infections (%) Multiple infections (%) Single infections (%) Multiple infections (%) Single infections (%) Multiple infections (%)
6 α10 None 2 (2.5 %) 5 (6.6 %) 3 (6.4 %) 4 (12.1 %) 0 (0.0 %) 2 (7.4 %)
11 α10 None 0 (0.0 %) 0 (0.0 %) 1 (2.1 %) 0 (0.0 %) 0 (0.0 %) 0 (0.0 %)
26 α5 51 0 (0.0 %) 0 (0.0 %) 1 (2.1 %) 0 (0.0 %) 0 (0.0 %) 0 (0.0 %)
42 α1 None 5 (6.3 %) 3 (3.9 %) 4 (8.5 %) 0 (0.0 %) 2 (8.0 %) 2 (7.4 %)
44 α10 None 0 (0.0 %) 3 (3.9 %) 0 (0.0 %) 2 (6.1 %) 0 (0.0 %) 0 (0.0 %)
53 α6 56 14 (17.7 %) 10 (13.2 %) 4 (8.5 %) 4 (12.1 %) 0 (0.0 %) 2 (7.4 %)
54 α13 None 2 (2.5 %) 2 (2.6 %) 2 (4.3 %) 2 (6.1 %) 0 (0.0 %) 1 (3.7 %)
61 α3 None 2 (2.5 %) 7 (9.2 %) 7 (14.9 %) 4 (12.1 %) 3 (12.0 %) 1 (3.7 %)
62 α3 None 2 (2.5 %) 5 (6.6 %) 4 (8.5 %) 2 (6.1 %) 4 (16.0 %) 3 (11.1 %)
66 α6 56 16 (20.3 %) 8 (10.5 %) Not relevant Not relevant Not relevant Not relevant
70 α7 18, 39, 45, 59, 68 15 (19.0 %) 8 (10.5 %) 9 (19.1 %) 3 (9.1 %) 9 (36.0 %) 4 (14.8 %)
71 α15 None 0 (0.0 %) 1 (1.3 %) 0 (0.0 %) 0 (0.0 %) 0 (0.0 %) 1 (3.7 %)
72 α3 None 0 (0.0 %) 1 (1.3 %) 0 (0.0 %) 1 (3.0 %) 0 (0.0 %) 1 (3.7 %)
73 α11 None 1 (1.3 %) 2 (2.6 %) 0 (0.0 %) 0 (0.0 %) 0 (0.0 %) 1 (3.7 %)
81 α3 None 3 (3.8 %) 4 (5.3 %) 3 (6.4 %) 2 (6.1 %) 1 (4.0 %) 2 (7.4 %)
82 α5 51 11 (13.9 %) 5 (6.6 %) 3 (6.4 %) 2 (6.1 %) 3 (12.0 %) 2 (7.4 %)
83 α3 None 2 (2.5 %) 7 (9.2 %) 3 (6.4 %) 3 (9.1 %) 3 (12.0 %) 2 (7.4 %)
84 α3 None 4 (5.1 %) 5 (6.6 %) 3 (6.4 %) 4 (12.1 %) 0 (0.0 %) 3 (11.1 %)
# Genotypes 79 (100 %) 76 (100 %) 47 (100 %) 33 (100 %) 25 (100 %) 27 (100 %)
# Samples 79 30 47 15 25 10
  1. No woman had a cross-reacting sample on any of the three HPV assays because of genotypes 40 (α8), 43 (α8), 85 (α7), or 89 (α3)