An integrative bioinformatics investigation and experimental validation of chromobox family in diffuse large B-cell lymphoma

Zhou, Fenling; Chen, Lu; Lu, Peng; Cao, Yuli; Deng, Cuilan; Liu, Gexiu

doi:10.1186/s12885-023-11108-6

Table 2 Correlation analysis between the CBX family and related markers of immune cells

From: An integrative bioinformatics investigation and experimental validation of chromobox family in diffuse large B-cell lymphoma

Immune cells	Immune checkpoint	Purity		CBX1		CBX2		CBX3		CBX5		CBX6		CBX8
Immune cells	Immune checkpoint	cor	p	cor	p	cor	P	Cor	P	Cor	P	Cor	P	Cor	P
CD8 + T cell	CD8A	0.544	***	0.332	*	0.291	0.065	0.399	**	0.427	**	0.580	***	0.087	0.589
CD8 + T cell	CD8B	0.411	**	0.055	0.733	0.045	0.779	0.147	0.359	0.239	0.132	0.229	0.151	0.094	0.561
T cell (general)	CD3D	-.709	***	0.116	0.472	0.174	0.276	0.100	0.533	0.095	0.555	0.034	0.832	0.102	0.524
	CD3E	0.750	***	0.472	0.664	0.276	0.483	0.533	0.699	0.555	0.704	0.832	0.874	0.524	0.695
	CD2	0.737	***	0.121	0.452	0.011	0.946	0.114	0.480	0.172	0.281	0.384	0.013	0.045	0.779
B cell	CD19	0.145	0.361	0.036	0.823	0.019	0.908	0.069	0.667	0.069	0.669	0.305	0.053	0.087	0.589
B cell	CD79A	0.032	0.841	0.189	0.236	0.283	0.073	0.346	*	0.246	0.121	0.017	0.916	0.529	***
Monocyte	CD86	0.385	*	0.465	**	0.067	0.678	0.141	0.379	0.424	**	0.491	**	0.162	0.312
Monocyte	CD115 (CSF1R)	0.514	***	0.483	**	0.147	0.360	0.202	0.205	0.449	**	0.590	***	0.070	0.664
TAM	CCL2	0.252	0.107	0.383	*	0.001	0.996	0.015	0.927	0.221	0.164	0.303	0.054	0.121	0.451
	CD68	0.410	**	0.196	0.219	0.036	0.823	0.020	0.901	0.171	0.286	0.490	0.001	0.076	0.635
	IL10	0.211	0.180	0.466	**	0.239	0.133	0.345	*	0.403	**	0.563	***	0.050	0.758
M1 Macrophage	INOS (NOS2)	0.195	0.216	0.252	0.112	0.084	0.602	0.073	0.651	0.171	0.286	0.286	0.070	0.137	0.392
	IRF5	0.257	0.100	0.442	**	0.108	0.503	0.084	0.601	0.375	*	0.425	**	0.196	0.218
	COX2 (PTGS2)	0.324	*	0.434	**	0.159	0.319	0.223	0.161	0.438	**	0.432	**	0.027	0.868
M2 Macrophage	CD163	0.084	0.597	0.254	0.109	0.054	0.737	0.098	0.541	0.156	0.330	0.489	**	0.191	0.231
	VSIG4	0.157	0.319	0.121	0.452	0.063	0.696	0.018	0.910	0.049	0.760	0.415	**	0.237	0.135
	MS4A4A	2.202	0.200	0.290	0.066	0.049	0.762	0.050	0.755	0.115	0.476	0.291	0.065	0.229	0.150
Neutrophils	CD66b(CEACAM8)	0.273	0.080	0.086	0.592	0.214	0.179	0.227	0.153	0.101	0.529	0.001	0.996	0.197	0.216
	CD11b (ITGAM)	0.309	*	0.260	0.101	0.082	0.610	0.100	0.535	0.257	0.104	0.337	*	0.234	0.140
	CCR7	0.498	***	0.268	0.090	0.047	0.769	0.157	0.327	0.222	0.163	0.288	0.068	0.049	0.759
NK cell	KIR2DL1	0.352	*	0.107	0.506	0.022	0.891	0.010	0.951	0.082	0.610	0.114	0.476	0.040	0.805
	KIR2DL3	0.424	**	0.158	0.324	0.074	0.647	0.023	0.885	0.226	0.156	0.092	0.569	0.070	0.663
	KIR2DL4	0.206	0.191	0.237	0.135	0.034	0.834	0.052	0.747	0.135	0.400	0.222	0.162	0.209	0.190
	KIR3DL1	0.285	0.067	0.133	0.406	0.131	0.416	0.019	0.908	0.159	0.322	0.199	0.212	0.010	0.951
	KIR3DL2	0.612	***	0.281	0.075	0.307	0.051	0.163	0.307	0.301	0.056	0.268	0.090	0.017	0.916
	KIR3DL3	0.117	0.461	0.091	0.572	0.111	0.490	0.004	0.979	0.053	0.743	0.072	0.656	0.149	0.354
	KIR2DS4	0.239	0.127	0.163	0.309	0.305	0.052	0.252	0.112	0.175	0.274	0.227	0.154	0.152	0.343
Dendritic cell	HLA-DPB1	0.207	0.188	0.335	*	0.186	0.245	0.157	0.327	0.223	0.162	0.170	0.288	0.072	0.656
	HLA-DQB1	0.160	0.311	0.070	0.664	0.002	0.989	0.091	0.570	0.076	0.639	0.031	0.850	0.094	0.559
	HLA-DRA	0.195	0.215	0.119	0.458	0.131	0.416	0.142	0.377	0.126	0.432	0.151	0.345	0.299	0.058
	HLA-DPA1	0.304	*	0.134	0.404	0.070	0.664	0.138	0.388	0.181	0.258	0.232	0.144	0.170	0.288
	BCDA-1 (CD1C)	0.026	0.872	0.151	0.348	0.365	*	0.457	**	0.268	0.090	0.113	0.480	0.499	***
	BDCA-4 (NRP1)	-.263	0.092	0.591	0.000	0.352	*	0.276	0.080	0.518	***	0.637	***	0.054	0.737
	CD11c (ITGAX)	0.533	***	0.311	*	0.083	0.605	0.049	0.763	0.275	0.082	0.242	0.127	0.400	**
Th1	TBX21	0.706	***	0.178	0.265	0.055	0.732	0.017	0.918	0.135	0.401	0.353	*	0.242	0.128
	STAT4	0.732	***	0.315	*	0.005	0.977	0.091	0.572	0.242	0.128	0.310	*	0.099	0.538
	STAT1	0.451	**	0.493	**	0.214	0.180	0.242	0.128	0.444	**	0.755	***	0.117	0.467
	IFN-g (IFNG)	0.537	***	0.401	**	0.231	0.146	0.301	0.056	0.347	*	0.665	***	0.009	0.957
	TNF-a (TNF)	0.236	*	0.242	0.128	0.223	0.160	0.122	0.446	0.386	*	0.383	*	0.060	0.711
Th2	GATA3	0.688	***	0.273	0.084	0.110	0.493	0.118	0.462	0.314	*	0.417	**	0.102	0.526
	STAT6	0.065	0.684	0.859	***	0.500	***	0.567	***	0.847	***	0.693	***	0.327	*
	STAT5A	0.418	***	0.101	0.531	0.116	0.469	0.214	0.179	0.046	0.775	0.069	0.666	0.144	0.370
	IL13	0.298	0.055	0.108	0.501	0.189	0.237	0.211	0.186	0.047	0.772	0.063	0.693	0.020	0.899
Tfh	BCL6	0.181	0.251	0.429	0.005	0.294	0.062	0.412	0.007	0.328	0.037	0.177	0.269	0.303	0.054
Tfh	IL21	0.411	**	0.356	*	0.021	0.897	0.022	0.893	0.313	*	0.435	**	0.160	0.317
Th17	STAT3	0.277	0.076	0.706	***	0.411	**	0.479	**	0.693	***	0.721	***	0.144	0.368
Th17	IL17A	0.508	***	0.110	0.494	0.139	0.386	0.027	0.869	0.063	0.695	0.141	0.378	0.054	0.735
Treg	FOXP3	0.633	***	0.313	*	0.037	0.819	0.033	0.836	0.303	0.054	0.307	0.051	0.355	*
	CCR8	0.477	**	0.469	**	0.222	0.164	0.228	0.152	0.468	**	0.521	***	0.428	**
	STAT5B	0.323	0.037	0.639	***	0.408	**	0.435	**	0.648	***	0.722	***	0.360	*
	TGFb (TGFB1)	0.517	***	0.628	***	0.468	**	0.328	*	0.527	***	0.723	***	0.417	**
Tex	PD-1 (PDCD1)	0.533	***	0.115	0.473	0.256	0.107	0.397	*	0.226	0.155	0.065	0.687	0.201	0.208
	CTLA4	0.702	***	0.006	0.971	0.137	0.391	0.021	0.895	0.095	0.553	0.180	0.261	0.030	0.854
	LAG3	0.560	***	0.041	0.797	0.037	0.819	0.078	0.630	0.078	0.629	0.315	0.045	0.198	0.214
	TIM-3 (HAVCR2)	0.387	*	0.340	*	0.061	0.704	0.187	0.242	0.288	0.068	0.551	***	0.082	0.609
	GZMB	0.243	0.122	0.136	0.396	0.084	0.600	0.125	0.437	0.100	0.533	0.459	**	0.216	0.174
	PDL1 (CD274)	0.365	*	0.636	***	0.383	*	0.372	*	0.606	***	0.864	***	0.156	0.330
	TIGIT	0.432	**	0.161	0.314	0.042	0.796	0.071	0.661	0.141	0.380	0.198	0.215	0.153	0.341
	CD112 (PVRL2)	0.432	**	0.037	0.818	0.115	0.476	0.202	0.205	0.045	0.782	0.263	0.097	0.171	0.286
	CD155 (PVR)	0.436	***	0.363	*	0.139	0.384	0.174	0.277	0.363	*	0.626	***	0.120	0.454
	CD113 (PVRL3)	0.508	***	0.655	***	0.424	**	0.479	**	0.613	***	0.674	***	0.486	**
	CD226 (DNAM-1)	0.662	***	0.619	***	0.260	0.101	0.440	**	0.612	***	0.601	***	0.314	*
	CD96	0.704	***	0.407	**	0.145	0.365	0.223	0.160	0.306	*	0.440	**	0.102	0.525

^*p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001

Back to article page

ISSN: 1471-2407

Contact us

Submission enquiries: bmccancer@biomedcentral.com
General enquiries: ORSupport@springernature.com

BMC Cancer

Contact us