Gene | DNA repair module | SNP | Nucleotide change | Location relative to gene | MAF in cases | MAF in controls | Genetic model | OR (95% CI) a | P a | P corr b |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MGMT | DR | rs2296675 | AÂ >Â G | Intronic | 0.21 | 0.10 | Â | Â | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | Risk per G allele c | 2.54 (1.50, 4.30) | 0.0006 | 0.05 | |
 |  |  |  |  |  | A/G + GG versus A/A d | 2.72 (1.48, 5.03) | 0.001 | 0.13 | |
 |  |  |  |  |  | G/G versus A/G + AA e | 5.30 (1.25, 22.48) | 0.02 | 1 | |
XRCC5 | NHEJ | rs1051685 | A > G | 3’UTR | 0.09 | 0.16 |  |  |  |  |
 |  |  |  |  |  | Risk per G allele c | 0.39 (0.20, 0.78) | 0.008 | 0.73 | |
 |  |  |  |  |  | A/G + GG versus A/A d | 0.39 (0.18, 0.83) | 0.01 | 1 | |
 |  |  |  |  |  | G/G versus A/G + AA e | N/A | N/A | N/A | |
ERCC5 | BER, NER | rs1047768 | CÂ >Â T | Coding (p.His46His) | 0.49 | 0.39 | Â | Â | Â | Â |
 |  |  |  |  | Risk per T allele c | 1.58 (1.06, 2.35) | 0.02 | 1 | ||
 |  |  |  |  | C/T + T/T versus C/C d | 1.89 (1.05, 3.42) | 0.03 | 1 | ||
 |  |  |  |  | T/T versus C/T + CC e | 1.80 (0.88, 3.66) | 0.11 | 1 | ||
PARP1 | BER, HR, NHEJ | rs747659 | CÂ >Â T | Intergenic | 0.12 | 0.18 | Â | Â | Â | Â |
 |  |  |  |  | Risk per T allele c | 0.49 (0.26, 0.94) | 0.03 | 1 | ||
 |  |  |  |  | C/T + T/T versus C/C d | 0.49 (0.25, 0.97) | 0.04 | 1 | ||
 |  |  |  |  | T/T versus C/T + CC e | N/A | N/A | N/A | ||
PCNA | BER, MMR, NER, TLS | rs17349 | C > T | 5’UTR | 0.14 | 0.08 |  |  |  |  |
 |  |  |  |  | Risk per T allele c | 1.98 (1.07, 3.68) | 0.03 | 1 | ||
 |  |  |  |  | C/T + T/T versus C/C d | 1.93 (0.96, 3.85) | 0.06 | 1 | ||
 |  |  |  |  | T/T versus C/T + CC e | 8.29 (0.88, 78.3) | 0.06 | 1 | ||
PMS2 | MMR | rs3735295 | GÂ >Â A | Intronic | 0.12 | 0.19 | Â | Â | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | Risk per A allele c | 0.52 (0.28, 0.97) | 0.04 | 1 | |
 |  |  |  |  |  | G/A + A/A versus G/G d | 0.49 (0.24, 1.00) | 0.05 | 1 | |
 |  |  |  |  |  | A/A versus G/A + A/A e | 0.33 (0.05, 2.07) | 0.24 | 1 | |
OGG1 | BER | rs125701 | GÂ >Â A | Intergenic | 0.27 | 0.21 | Â | Â | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | Risk per A allele c | 1.65 (1.01, 2.68) | 0.04 | 1 | |
 |  |  |  |  |  | G/A + A/A versus G/G d | 1.87 (1.03, 3.40) | 0.04 | 1 | |
 |  |  |  |  |  | A/A versus G/A + A/A e | 1.73 (0.47, 6.37) | 0.41 | 1 |