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Table 3 Correlation of PI3K Pathway Lesions to Other Clinicopathological Markers

From: Integrated molecular pathway analysis informs a synergistic combination therapy targeting PTEN/PI3K and EGFR pathways for basal-like breast cancer

  ER+ ER– n P PgR+ PgR – n P p53 mut p53 wt n P CK5/14 + CK5/14 – n P Grade 1 Grade 2 Grade 3 n P <20 mm 20–49 mm 50 mm+ n P Node+ Node – n P S–phase ≤6 % S–phase 6-10 % S–phase ≥10 % n P Basal-like HER2 Normal-like LumA LumB n P
PTEN IHC– 11 14 107 0.0007 8 17 107 0.0003 15 9 106 0.006 11 13 106 <0.0001 0 2 23 106 0.002 3 14 8 107 0.002 14 8 97 0.392 4 1 13 85 0.062 11 2 2 0 2 86 0.0003
PTEN IHC+ 65 17    59 23    26 56    7 75    8 27 46    28 47 7    40 35    24 15 28    11 6 8 31 13   
PTEN mut 2 2 112 0.334 2 2 112 0.600 3 1 112 0.115 2 2 105 0.061 0 0 4 111 0.166 0 3 1 111 0.175 2 2 101 0.855 1 0 2 91 0.708 3 0 0 0 0 94 0.048
PTEN wt 78 30    68 40    39 69    15 86    8 31 68    35 58 14    53 44    30 16 42    20 10 10 34 17   
PTEN abrogated 12 14 107 0.001 9 17 107 0.0007 16 9 106 0.003 11 14 106 <0.0001 0 2 24 106 0.0012 3 14 9 107 0.0005 15 8 97 0.291 5 1 13 85 0.135 12 2 2 0 2 86 <0.0001
PTEN normal 64 17    58 23    25 56    7 74    8 27 45    28 47 6    39 35    23 15 28    10 6 8 31 13   
HER2+ 13 10 113 0.092 13 10 113 0.548 13 10 112 0.058 3 18 108 0.740 1 7 15 112 0.806 7 13 3 113 0.979 13 8 103 0.437 3 3 10 90 0.177 3 7 3 2 3 92 0.0003
HER2– 67 23    57 33    31 58    15 72    7 24 58    28 50 12    43 39    26 14 34    19 3 8 31 13   
EGFR+ 4 23 112 <0.0001 5 22 112 <0.0001 19 8 111 <0.0001 15 11 109 <0.0001 0 2 25 111 0.0008 6 16 5 112 0.216 13 9 102 0.583 5 3 14 89 0.112 16 3 1 0 0 91 <0.0001
EGFR– 74 11    63 22    24 60    4 79    8 29 47    28 47 10    42 38    25 13 29    7 6 10 32 16   
PIK3CA mut 22 7 116 0.480 21 8 116 0.153 11 18 115 0.966 4 22 109 0.753 4 10 14 115 0.027 10 16 3 115 0.568 16 11 105 0.474 13 3 9 93 0.042 5 3 5 12 3 95 0.446
PIK3CA wt 60 27    50 37    33 53    15 68    4 22 61    26 48 12    40 38    18 14 36    18 7 6 22 14   
INPP4B low 10 10 94 0.012 12 8 94 0.773 10 10 93 0.292 6 13 88 0.057 3 3 14 94 0.954 8 7 5 93 0.928 9 10 85 0.750 5 6 3 73 0.235 11 1 1 7 0 94 0.003
INPP4B high 58 16    47 27    27 46    9 60    5 24 45    19 47 7    34 32    20 9 30    12 9 10 26 17   
Any PTEN/PI3K/INPP4B 44 17 95 0.434 37 24 95 0.333 24 36 94 0.305 11 47 89 0.467 2 13 45 94 0.004 18 34 8 94 0.561 27 27 84 0.379 20 6 26 78 0.594 14 4 6 18 9 83 0.892
None PTEN/PI3K/INPP4B 27 7    24 10    10 24    4 27    5 13 16    8 21 5    18 12    6 8 12    6 2 5 12 7   
Any PTEN/PI3K/INPP4B/EGFR/HER2 47 33 106 0.0004 43 37 106 0.014 40 39 105 0.0004 19 56 101 0.0044 6 17 56 105 0.081 21 47 12 106 0.268 40 33 96 0.559 23 10 30 84 0.319 23 10 9 16 8 92 <0.0001
None PTEN/PI3K/INPP4B/EGFR/HER2 25 1    21 5    3 23    0 26    2 12 12    9 15 2    11 12    4 6 11    0 0 2 16 8   
  1. Footnote: Definitions are as in Table 2