Low-risk susceptibility alleles in 40 human breast cancer cell lines

Riaz, Muhammad; Elstrodt, Fons; Hollestelle, Antoinette; Dehghan, Abbas; Klijn, Jan GM; Schutte, Mieke

doi:10.1186/1471-2407-9-236

BMC Cancer

Table 1 Genotypes of five low-risk SNPs in 40 human breast cancer cell lines

From: Low-risk susceptibility alleles in 40 human breast cancer cell lines

Breast cancer cell lines	SNP genotypes and allelic losses
	8q24	Loss 8q	MAP3K1	Loss 5q	FGFR2	Loss 10q	TNRC9	Loss 16q	LSP1	Loss 11p
SUM185PE	Het	No	Het	No	Maj H	nd	Min H	nd	Maj H	nd
BT483	Het	No	Maj H	No	Min H	Yes	Maj H	No	Maj H	No
MDA-MB-134VI	Het	No	Het	No	Het	No	Het	No	Maj H	No
MDA-MB-175VII	Het	No	Min H	No	Het	No	Het	No	Maj H	No
MDA-MB-415	Het	No	Het	No	Min H	Yes	Het	No	Het	No
MPE600	Het	No	Maj H	nd	Het	No	Maj H	nd	Het	No
SUM52PE	Maj H	nd	Maj H	nd	Maj H	nd	Maj H	nd	Maj H	nd
CAMA-1	Het	No	Het	No	Min H	No	Maj H	Yes	Maj H	Yes
MCF-7	Maj H	No	Het	No	Maj H	No	Het	No	Maj H	Yes
ZR75-1	Het	No	Het	No	Min H	Yes	Maj H	Yes	Het	No
SUM44PE	Het	No	Min H	nd	Maj H	nd	Het	No	Min H	nd
T47D	Het	No	Het	No	Maj H	No	Min H	Yes	Min H	Yes
MDA-MB-361	Het	No	Het	No	Maj H	No	Het	No	Min H	No
BT474	Het	No	Maj H	No	Maj H	Yes	Maj H	No	Maj H	No
UACC812	Min H	No	Min H	No	Het	No	Het	No	Min H	Yes
ZR75-30	Maj H	nd	Min H	nd	Min H	nd	Min H	nd	Maj H	nd
OCUB-F	Maj H	nd	Maj H	nd	Min H	nd	Min H	nd	Maj H	nd
SK-BR-5	Het	No	Maj H	nd	Min H	nd	Min H	nd	Maj H	nd
SUM190PT	Min H	nd	Min H	nd	Maj H	nd	Min H	nd	Maj H	nd
SUM225CWN	Het	No	Maj H	nd	Maj H	nd	Maj H	nd	Het	No
MDA-MB-330	Het	No	Min H	Yes	Min H	Yes	Het	No	Maj H	No
MDA-MB-453	Het	No	Het	No	Min H	Yes	Maj H	Yes	Maj H	Yes
SK-BR-3	Min H	Yes	Het	No	Het	No	Maj H	Yes	Min H	No
EVSA-T	Min H	nd	Min H	nd	Maj H	nd	Maj H	nd	Min H	nd
UACC893	Maj H	No	Maj H	No	Maj H	Yes	Het	No	Maj H	No
BT20	Min H	No	Maj H	Yes	Maj H	Yes	Maj H	Yes	Het	No
HCC1937	Het	No	Min H	nd	Het	No	Het	No	Maj H	nd
MDA-MB-468	Maj H	Yes	Maj H	Yes	Maj H	Yes	Maj H	Yes	Maj H	Yes
SUM149PT	Min H	nd	Het	No	Min H	nd	Min H	nd	Maj H	Yes
SUM229PE	Maj H	nd	Maj H	nd	Maj H	nd	Maj H	nd	Min H	nd
BT549	Maj H	No	Maj H	No	Maj H	Yes	Het	No	Min H	Yes
Hs578T	Het	No	Maj H	Yes	Min H	Yes	Min H	No	Maj H	No
MDA-MB-157	Maj H	No	Maj H	Yes	Maj H	Yes	Min H	No	Maj H	Yes
MDA-MB-231	Maj H	Yes	Het	No	Het	No	Maj H	Yes	Het	No
MDA-MB-436	Maj H	Yes	Maj H	Yes	Maj H	No	Min H	No	Maj H	Yes
SK-BR-7	Het	No	Het	No	Min H	nd	Maj H	nd	Het	No
SUM159PT	Maj H	nd	Het	No	Min H	nd	Het	No	Maj H	nd
SUM1315MO2	Het	No	Maj H	nd	Min H	nd	Het	No	Maj H	nd
SUM102PT	Het	No	Het	No	Maj H	nd	Het	No	Maj H	nd
MDA-MB-435s	Maj H	No	Maj H	Yes	Maj H	Yes	Maj H	Yes	Maj H	No
Total major homozygotes	13		17		19		16		25
Total heterozygotes	21		15		7		14		7
Total minor homozygotes	6		8		14		10		8
Percentage of allelic loss		13		25		52		32		37

Genotypes of five low-risk SNPs have been determined in the current study. Allelotype data have been reported elsewhere and involved microsatellite analysis. Loss: Yes, allelic loss at the indicated chromosomal region; and No, no allelic loss at the indicated chromosomal region. nd, not determined; Maj H, major homozygotes; Min H, minor homozygotes; Het, heterozygote allele carriers.

Back to article page

ISSN: 1471-2407

Contact us

Submission enquiries: bmccancer@biomedcentral.com
General enquiries: ORSupport@springernature.com