Skip to main content

Advertisement

Table 1 Genotypes of five low-risk SNPs in 40 human breast cancer cell lines

From: Low-risk susceptibility alleles in 40 human breast cancer cell lines

Breast cancer cell lines SNP genotypes and allelic losses
  8q24 Loss 8q MAP3K1 Loss 5q FGFR2 Loss 10q TNRC9 Loss 16q LSP1 Loss 11p
SUM185PE Het No Het No Maj H nd Min H nd Maj H nd
BT483 Het No Maj H No Min H Yes Maj H No Maj H No
MDA-MB-134VI Het No Het No Het No Het No Maj H No
MDA-MB-175VII Het No Min H No Het No Het No Maj H No
MDA-MB-415 Het No Het No Min H Yes Het No Het No
MPE600 Het No Maj H nd Het No Maj H nd Het No
SUM52PE Maj H nd Maj H nd Maj H nd Maj H nd Maj H nd
CAMA-1 Het No Het No Min H No Maj H Yes Maj H Yes
MCF-7 Maj H No Het No Maj H No Het No Maj H Yes
ZR75-1 Het No Het No Min H Yes Maj H Yes Het No
SUM44PE Het No Min H nd Maj H nd Het No Min H nd
T47D Het No Het No Maj H No Min H Yes Min H Yes
MDA-MB-361 Het No Het No Maj H No Het No Min H No
BT474 Het No Maj H No Maj H Yes Maj H No Maj H No
UACC812 Min H No Min H No Het No Het No Min H Yes
ZR75-30 Maj H nd Min H nd Min H nd Min H nd Maj H nd
OCUB-F Maj H nd Maj H nd Min H nd Min H nd Maj H nd
SK-BR-5 Het No Maj H nd Min H nd Min H nd Maj H nd
SUM190PT Min H nd Min H nd Maj H nd Min H nd Maj H nd
SUM225CWN Het No Maj H nd Maj H nd Maj H nd Het No
MDA-MB-330 Het No Min H Yes Min H Yes Het No Maj H No
MDA-MB-453 Het No Het No Min H Yes Maj H Yes Maj H Yes
SK-BR-3 Min H Yes Het No Het No Maj H Yes Min H No
EVSA-T Min H nd Min H nd Maj H nd Maj H nd Min H nd
UACC893 Maj H No Maj H No Maj H Yes Het No Maj H No
BT20 Min H No Maj H Yes Maj H Yes Maj H Yes Het No
HCC1937 Het No Min H nd Het No Het No Maj H nd
MDA-MB-468 Maj H Yes Maj H Yes Maj H Yes Maj H Yes Maj H Yes
SUM149PT Min H nd Het No Min H nd Min H nd Maj H Yes
SUM229PE Maj H nd Maj H nd Maj H nd Maj H nd Min H nd
BT549 Maj H No Maj H No Maj H Yes Het No Min H Yes
Hs578T Het No Maj H Yes Min H Yes Min H No Maj H No
MDA-MB-157 Maj H No Maj H Yes Maj H Yes Min H No Maj H Yes
MDA-MB-231 Maj H Yes Het No Het No Maj H Yes Het No
MDA-MB-436 Maj H Yes Maj H Yes Maj H No Min H No Maj H Yes
SK-BR-7 Het No Het No Min H nd Maj H nd Het No
SUM159PT Maj H nd Het No Min H nd Het No Maj H nd
SUM1315MO2 Het No Maj H nd Min H nd Het No Maj H nd
SUM102PT Het No Het No Maj H nd Het No Maj H nd
MDA-MB-435s Maj H No Maj H Yes Maj H Yes Maj H Yes Maj H No
Total major homozygotes 13   17   19   16   25  
Total heterozygotes 21   15   7   14   7  
Total minor homozygotes 6   8   14   10   8  
Percentage of allelic loss   13   25   52   32   37
  1. Genotypes of five low-risk SNPs have been determined in the current study. Allelotype data have been reported elsewhere and involved microsatellite analysis. Loss: Yes, allelic loss at the indicated chromosomal region; and No, no allelic loss at the indicated chromosomal region. nd, not determined; Maj H, major homozygotes; Min H, minor homozygotes; Het, heterozygote allele carriers.