From: Low-risk susceptibility alleles in 40 human breast cancer cell lines
Breast cancer cell lines | SNP genotypes and allelic losses | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 | 8q24 | Loss 8q | MAP3K1 | Loss 5q | FGFR2 | Loss 10q | TNRC9 | Loss 16q | LSP1 | Loss 11p |
SUM185PE | Het | No | Het | No | Maj H | nd | Min H | nd | Maj H | nd |
BT483 | Het | No | Maj H | No | Min H | Yes | Maj H | No | Maj H | No |
MDA-MB-134VI | Het | No | Het | No | Het | No | Het | No | Maj H | No |
MDA-MB-175VII | Het | No | Min H | No | Het | No | Het | No | Maj H | No |
MDA-MB-415 | Het | No | Het | No | Min H | Yes | Het | No | Het | No |
MPE600 | Het | No | Maj H | nd | Het | No | Maj H | nd | Het | No |
SUM52PE | Maj H | nd | Maj H | nd | Maj H | nd | Maj H | nd | Maj H | nd |
CAMA-1 | Het | No | Het | No | Min H | No | Maj H | Yes | Maj H | Yes |
MCF-7 | Maj H | No | Het | No | Maj H | No | Het | No | Maj H | Yes |
ZR75-1 | Het | No | Het | No | Min H | Yes | Maj H | Yes | Het | No |
SUM44PE | Het | No | Min H | nd | Maj H | nd | Het | No | Min H | nd |
T47D | Het | No | Het | No | Maj H | No | Min H | Yes | Min H | Yes |
MDA-MB-361 | Het | No | Het | No | Maj H | No | Het | No | Min H | No |
BT474 | Het | No | Maj H | No | Maj H | Yes | Maj H | No | Maj H | No |
UACC812 | Min H | No | Min H | No | Het | No | Het | No | Min H | Yes |
ZR75-30 | Maj H | nd | Min H | nd | Min H | nd | Min H | nd | Maj H | nd |
OCUB-F | Maj H | nd | Maj H | nd | Min H | nd | Min H | nd | Maj H | nd |
SK-BR-5 | Het | No | Maj H | nd | Min H | nd | Min H | nd | Maj H | nd |
SUM190PT | Min H | nd | Min H | nd | Maj H | nd | Min H | nd | Maj H | nd |
SUM225CWN | Het | No | Maj H | nd | Maj H | nd | Maj H | nd | Het | No |
MDA-MB-330 | Het | No | Min H | Yes | Min H | Yes | Het | No | Maj H | No |
MDA-MB-453 | Het | No | Het | No | Min H | Yes | Maj H | Yes | Maj H | Yes |
SK-BR-3 | Min H | Yes | Het | No | Het | No | Maj H | Yes | Min H | No |
EVSA-T | Min H | nd | Min H | nd | Maj H | nd | Maj H | nd | Min H | nd |
UACC893 | Maj H | No | Maj H | No | Maj H | Yes | Het | No | Maj H | No |
BT20 | Min H | No | Maj H | Yes | Maj H | Yes | Maj H | Yes | Het | No |
HCC1937 | Het | No | Min H | nd | Het | No | Het | No | Maj H | nd |
MDA-MB-468 | Maj H | Yes | Maj H | Yes | Maj H | Yes | Maj H | Yes | Maj H | Yes |
SUM149PT | Min H | nd | Het | No | Min H | nd | Min H | nd | Maj H | Yes |
SUM229PE | Maj H | nd | Maj H | nd | Maj H | nd | Maj H | nd | Min H | nd |
BT549 | Maj H | No | Maj H | No | Maj H | Yes | Het | No | Min H | Yes |
Hs578T | Het | No | Maj H | Yes | Min H | Yes | Min H | No | Maj H | No |
MDA-MB-157 | Maj H | No | Maj H | Yes | Maj H | Yes | Min H | No | Maj H | Yes |
MDA-MB-231 | Maj H | Yes | Het | No | Het | No | Maj H | Yes | Het | No |
MDA-MB-436 | Maj H | Yes | Maj H | Yes | Maj H | No | Min H | No | Maj H | Yes |
SK-BR-7 | Het | No | Het | No | Min H | nd | Maj H | nd | Het | No |
SUM159PT | Maj H | nd | Het | No | Min H | nd | Het | No | Maj H | nd |
SUM1315MO2 | Het | No | Maj H | nd | Min H | nd | Het | No | Maj H | nd |
SUM102PT | Het | No | Het | No | Maj H | nd | Het | No | Maj H | nd |
MDA-MB-435s | Maj H | No | Maj H | Yes | Maj H | Yes | Maj H | Yes | Maj H | No |
Total major homozygotes | 13 | Â | 17 | Â | 19 | Â | 16 | Â | 25 | Â |
Total heterozygotes | 21 | Â | 15 | Â | 7 | Â | 14 | Â | 7 | Â |
Total minor homozygotes | 6 | Â | 8 | Â | 14 | Â | 10 | Â | 8 | Â |
Percentage of allelic loss | Â | 13 | Â | 25 | Â | 52 | Â | 32 | Â | 37 |