TY - JOUR AU - Golub, T. AU - Slonim, D. AU - Tamayo, P. AU - Huard, C. AU - Gassenbeek, M. AU - Mesirov, J. P. AU - Coller, H. AU - Loh, M. L. AU - Downing, J. AU - Caligiuri, M. AU - Bloomfield, C. AU - Lander, E. PY - 1999 DA - 1999// TI - Molecular classification of cancer: class discovery and class prediction by gene expression monitoring JO - Science VL - 286 UR - https://doi.org/10.1126/science.286.5439.531 DO - 10.1126/science.286.5439.531 ID - Golub1999 ER - TY - JOUR AU - Alizadeh, A. A. AU - Eisen, M. B. AU - Davis, R. E. AU - Ma, C. AU - Lossos, I. S. AU - Rosenwald, A. AU - Boldrick, J. C. AU - Sabet, H. AU - Tran, T. AU - Yu, X. AU - Powell, J. I. AU - Yang, L. AU - Marti, G. E. AU - Moore, T. AU - Hudson, J. AU - Lu, L. AU - Lewis, D. B. AU - Tibshirani, R. AU - Sherlock, G. AU - Chan, W. C. AU - Grenier, T. C. AU - Weisenburger, D. D. AU - Armitage, J. O. AU - Warnke, R. AU - Levy, R. AU - Wilson, W. AU - Grever, M. R. AU - Bvrd, J. C. AU - Bostein, D. AU - Brown, P. O. AU - Straudt, L. M. PY - 2000 DA - 2000// TI - Distinct types of diffuse large b-cell lymphoma identified by gene expression profiling JO - Nature VL - 403 UR - https://doi.org/10.1038/35000501 DO - 10.1038/35000501 ID - Alizadeh2000 ER - TY - JOUR AU - Hedenfalk, I. AU - Duggan, D. AU - Chen, Y. AU - Radmacher, M. AU - Bittner, M. AU - Simon, R. AU - Meltzer, P. AU - Gusterson, B. AU - Esteller, M. AU - Kallionieme, O. P. AU - Wilfond, B. AU - Borg, A. AU - Trent, J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Gene-expression profiles in hereditary breast cancer JO - New Engl J Med VL - 344 UR - https://doi.org/10.1056/NEJM200102223440801 DO - 10.1056/NEJM200102223440801 ID - Hedenfalk2001 ER - TY - JOUR AU - Yeoh, E. J. AU - Ross, M. E. AU - Shurtleff, S. A. AU - Williams, W. K. AU - Patel, D. AU - Mahfouz, R. AU - Behm, F. G. AU - Raimondi, S. C. AU - Relling, M. V. AU - Patel, A. AU - Cheng, C. AU - Campana, D. AU - Wilkins, D. AU - Zhou, X. AU - Li, J. AU - Liu, H. AU - Pui, C. H. AU - Evans, W. E. AU - Naeve, C. AU - Wong, L. AU - Downing, J. R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Classification, subtype discovery, and prediction of outcome in pediatric acute lymphoblastic leukemia by gene expression profiling JO - Cancer Cell VL - 2 UR - https://doi.org/10.1016/S1535-6108(02)00032-6 DO - 10.1016/S1535-6108(02)00032-6 ID - Yeoh2002 ER - TY - JOUR AU - Kihara, C. AU - Tsunoda, T. AU - Tankaka, T. AU - Yamana, H. AU - Furukawa, Y. AU - Ono, K. AU - Kitahara, O. AU - Zembutsu, H. AU - Yanagawa, R. AU - Hirata, K. AU - Takagi, T. AU - Nakamura, Y. PY - 2001 DA - 2001// TI - Prediction of sensitivity of esophageal tumors to adjuvant chemotherapy by cDNA microarray analysis of gene-expression profiles JO - Cancer Res VL - 61 ID - Kihara2001 ER - TY - JOUR AU - Rosenwald, A. AU - Wright, G. AU - Leroy, K. AU - Yu, X. AU - Gaulard, P. AU - Gascoyne, R. D. AU - Chan, W. C. AU - Zhao, T. AU - Haioun, C. AU - Greiner, T. C. AU - Weisenburger, D. D. AU - Lynch, J. C. AU - Vose, J. AU - Armitage, J. O. AU - Smeland, E. B. AU - Kvaloy, S. AU - Holte, H. AU - Delabie, J. AU - Campo, E. AU - Montserrat, E. AU - Lopez-Guillermo, A. AU - Ott, G. AU - Muller-Hermelink, H. K. AU - Connors, J. M. AU - Braziel, R. AU - Grogan, T. M. AU - Fisher, R. I. AU - Miller, T. P. AU - LeBlanc, M. AU - Chiorazzi, M. AU - Zhao, H. AU - Yang, L. AU - Powell, J. AU - Wilson, W. H. AU - Jaffe, E. S. AU - Simon, R. AU - Klausner, R. D. AU - Staudt, L. M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Molecular diagnosis of primary mediastinal B cell lymphoma identifies a clinically favorable subgroup of diffuse large B cell lymphoma related to Hodgkin lymphoma JO - J Exp Med VL - 198 UR - https://doi.org/10.1084/jem.20031074 DO - 10.1084/jem.20031074 ID - Rosenwald2003 ER - TY - JOUR AU - Okutsu, J. AU - Tsunoda, T. AU - Kaneta, Y. AU - Katagiri, T. AU - Kitahara, O. AU - Zembutsu, H. AU - Yanagawa, R. AU - Miyawaki, S. AU - Kuriyama, K. AU - Kubota, N. AU - Kimura, Y. AU - Kubo, K. AU - Yagasaki, F. AU - Higa, T. AU - Taguchi, H. AU - Tobita, T. AU - Akiyama, H. AU - Takeshita, A. AU - Wang, Y. H. AU - Motoji, T. AU - Ohno, R. AU - Nakamura, Y. PY - 2002 DA - 2002// TI - Prediction of chemosensitivity for patients with acute myeloid leukemia, according to expression levels of 28 genes selected by genome-wide complementary DNA microarray analysis JO - Mol Cancer Ther VL - 1 ID - Okutsu2002 ER - TY - JOUR AU - Chang, J. C. AU - Wooten, E. C. AU - Tsimelzon, A. AU - Hilsenbeck, S. G. AU - Gutierrez, M. C. AU - Elledge, R. AU - Mohsin, S. AU - Osborne, C. K. AU - Chamness, G. C. AU - Allred, D. C. AU - O'Connel, P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Gene expression profiling for the prediction of therapeutic response to docetaxel in patients with breast cancer JO - Lancet VL - 362 UR - https://doi.org/10.1016/S0140-6736(03)14023-8 DO - 10.1016/S0140-6736(03)14023-8 ID - Chang2003 ER - TY - JOUR AU - Florell, S. R. AU - Coffin, C. M. AU - Holden, J. A. AU - Zimmermann, J. W. AU - Gerwels, J. W. AU - Summers, B. K. AU - Jones, D. A. AU - Leachman, S. A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Preservation of RNA for Functional Genomic Studies: A Multidiciplinary Tumor Bank Protocol JO - Mod Pathol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/modpathol.3880267 DO - 10.1038/modpathol.3880267 ID - Florell2001 ER - TY - JOUR AU - Bertucci, F. AU - Viens, P. AU - Tagett, R. AU - Nguyen, C. AU - Houlgatte, R. AU - Birnbaum, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - DNA Arrays in Clinical Oncology: Promises and Challenges JO - Laboratory Invest VL - 83 UR - https://doi.org/10.1097/01.LAB.0000059936.28369.19 DO - 10.1097/01.LAB.0000059936.28369.19 ID - Bertucci2003 ER - TY - JOUR AU - Nimgaonkar, A. AU - Sanoudou, D. AU - Butte, A. J. AU - Haslett, J. N. AU - Kunkel, L. M. AU - Beggs, A. H. AU - Kohane, I. S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Reproducibility of gene expression across generations of Affymetrix microarrays JO - BMC Bioinformatics VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-4-27 DO - 10.1186/1471-2105-4-27 ID - Nimgaonkar2003 ER - TY - JOUR AU - Ellis, M. AU - Davis, N. AU - Coop, A. AU - Liu, M. AU - Schumaker, L. AU - Lee, R. Y. AU - Srikanchana, R. AU - Russell, C. G. AU - Singh, B. AU - Miller, W. AU - Stearns, V. AU - Pennanen, M. AU - Tsangaris, T. AU - Gallagher, A. AU - Liu, A. AU - Zwart, A. AU - Hayes, D. F. AU - Lippman, M. E. AU - Wang, Y. AU - Clarke, R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Development and Validation of a Method for Using Breast Core Needle Biopsies for Gene Expression Microarray Analyses JO - Clin Cancer Res VL - 8 ID - Ellis2002 ER - TY - JOUR AU - Assersohn, L. AU - Gangi, L. AU - Zhao, Y. AU - Dowsett, M. AU - Simon, R. AU - Powles, T. J. AU - Liu, E. T. PY - 2002 DA - 2002// TI - The Feasibility of Using Fine Needle Aspiration from Primary Breast Cancers for cDNA Microarray Analyses JO - Clin Cancer Res VL - 8 ID - Assersohn2002 ER - TY - JOUR AU - Khan, J. AU - Simon, R. AU - Bittner, M. AU - Chen, Y. AU - Leighton, S. B. AU - Pohida, T. AU - Smith, P. D. AU - Jiang, Y. AU - Gooden, G. C. AU - Trent, J. M. AU - Meltzer, P. S. PY - 1998 DA - 1998// TI - Gene expression profiling of alveolar rhabdomyosarcoma with cDNA microarrays JO - Cancer Res VL - 58 ID - Khan1998 ER - TY - JOUR AU - Chuang, Y. Y. AU - Chen, Y. AU - Gadisetti AU - Chandramouli, V. R. AU - Cook, J. A. AU - Coffin, D. AU - Tsai, M. H. AU - DeGraff, W. AU - Yan, H. AU - Zhao, S. AU - Russo, A. AU - Liu, E. T. AU - Mitchell, J. B. PY - 2002 DA - 2002// TI - Gene Expression after Treatment with Hydrogen Peroxidase, Menadione, or t-Butyl Hydroperoxidase in Breast Cancer Cells JO - Cancer Res VL - 62 ID - Chuang2002 ER - TY - JOUR AU - Feldman, A. L. AU - Costouros, N. G. AU - Wang, E. AU - Qian, M. AU - Marincola, F. M. AU - Alexander, H. R. AU - Libutti, S. K. PY - 2002 DA - 2002// TI - Advantages of mRNA Amplification for Microarray Analysis JO - BioTechniques VL - 33 ID - Feldman2002 ER - TY - JOUR AU - Baugh, L. R. AU - Hill, A. A. AU - Brown, E. L. AU - Hunter, C. P. PY - 2001 DA - 2001// TI - Quantitative analysis of mRNA amplification by in vitro transcription JO - Nucleic Acids Res VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/nar/29.5.e29 DO - 10.1093/nar/29.5.e29 ID - Baugh2001 ER - TY - JOUR AU - Nygaard, V. AU - Loland, A. AU - Holden, M. AU - Langaas, M. AU - Rue, H. AU - Liu, F. AU - Myklebost, O. AU - Fodstad, O. AU - Hovig, E. AU - Smith-Sorensen, B. PY - 2003 DA - 2003// TI - Effects of mRNA amplification on gene expression ratios in cDNA experiments by analysis of variance JO - BMC Genomics VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-4-11 DO - 10.1186/1471-2164-4-11 ID - Nygaard2003 ER - TY - CHAP AU - Iscove, N. N. AU - Barbara, M. AU - Gu, M. AU - Gibson, M. AU - Modi, C. AU - Winegarden, N. PY - 2002 DA - 2002// TI - Representation is faithfully preserved in global cDNA amplified exponentially from sub-picogram quantities of mRNA BT - Nat Biotechnol ID - Iscove2002 ER - TY - JOUR AU - Hu, L. AU - Wang, J. AU - Beggerly, K. AU - Wang, H. AU - Fuller, G. N. AU - Hamilton, S. R. AU - Coombes, K. R. AU - Zhang, W. PY - 2002 DA - 2002// TI - Obtaining reliable information from minute amounts of RNA using cDNA microarrays JO - BMC Genomics VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-3-16 DO - 10.1186/1471-2164-3-16 ID - Hu2002 ER - TY - JOUR AU - Puskas, L. G. AU - Zvara, A. AU - Hackler, L. AU - Van Hummelen, P. PY - 2002 DA - 2002// TI - RNA Amplification Results in Reproducible Microarray Data with Slight Ratio Bias JO - BioTechniques VL - 32 ID - Puskas2002 ER - TY - JOUR AU - Van Gelder, R. N. AU - von Zastrow, M. E. AU - Yool, A. AU - Dement, W. C. AU - Barchas, J. D. AU - Eberwine, J. H. PY - 1990 DA - 1990// TI - Amplified RNA synthesized from limited quantities of heterogenous cDNA JO - Proc Natl Acad Sci VL - 87 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.87.5.1663 DO - 10.1073/pnas.87.5.1663 ID - Van Gelder1990 ER - TY - JOUR AU - Zhao, H. AU - Hastie, T. AU - Whitfield, M. L. AU - Borresen-Dale, A. L. AU - Jeffrey, S. S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Optimization and evaluation of T7 based RNA linear amplification protocols for cDNA microarray analysis JO - BMC Genomics VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-3-31 DO - 10.1186/1471-2164-3-31 ID - Zhao2002 ER - TY - JOUR AU - Bertucci, F. AU - Bernard, K. AU - Loriod, B. AU - Chang, Y. C. AU - Granjeaud, S. AU - Birnbaum, D. AU - Nguyen, C. AU - Peck, K. AU - Jordan, B. R. PY - 1999 DA - 1999// TI - Sensitivity issues in DNA array-based expression measurements and performance of nylon microarrays for small samples JO - Hum Mol Genet VL - 8 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/8.9.1715 DO - 10.1093/hmg/8.9.1715 ID - Bertucci1999 ER - TY - JOUR AU - Polacek, D. C. AU - Passerini, A. G. AU - Shi, C. AU - Francesco, N. M. AU - Manduchi, E. AU - Grant, G. R. AU - Powell, S. AU - Bischof, H. AU - Winkler, H. AU - Stoeckert, C. J. AU - Davis, P. F. PY - 2002 DA - 2002// TI - Fidelity and enhanced sensivitiy of differential transcription profiles following linear amplification of nanogram amounts of endothelial mRNA JO - Physiol Genomics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1152/physiolgenomics.00173.2002 DO - 10.1152/physiolgenomics.00173.2002 ID - Polacek2002 ER - TY - JOUR AU - Wang, E. AU - Miller, L. D. AU - Ohnmacht, G. A. AU - Liu, E. T. AU - Marincola, F. M. PY - 2000 DA - 2000// TI - High-fidelity mRNA amplification for gene profiling JO - Nat Biotechnol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1038/74546 DO - 10.1038/74546 ID - Wang2000 ER - TY - JOUR AU - Hegde, P. AU - Qi, R. AU - Abernathy, K. AU - Gay, C. AU - Dharap, S. AU - Gaspard, R. AU - Hughes, J. E. AU - Snesrud, E. AU - Lee, N. AU - Quackenbush, J. PY - 2000 DA - 2000// TI - A Concise Guide to cDNA Microarray Analysis JO - BioTechniques VL - 29 ID - Hegde2000 ER - TY - JOUR AU - Manduchi, E. AU - Scearce, M. AU - Brestelli, J. E. AU - Grant, G. R. AU - Kaestner, K. H. AU - Stoeckert, C. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Comparison of different labeling methods for two-channel high-density microarray experiments JO - Physiol Genomics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1152/physiolgenomics.00120.2001 DO - 10.1152/physiolgenomics.00120.2001 ID - Manduchi2002 ER - TY - JOUR AU - Yu, J. AU - Othman, M. I. AU - Farjo, R. AU - Zareparsi, S. AU - MacNee, S. P. AU - Yoshida, S. AU - Swaroop, A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Evaluation and optimization of procedures for target labeling and hybridization of cDNA microarrays JO - Mol Vis VL - 8 ID - Yu2002 ER - TY - JOUR AU - Richter, A. AU - Schwager, C. AU - Hentze, S. AU - Ansorge, W. AU - Hentze, M. W. AU - Muckenthaler, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Comparison of Flourescent Tag DNA Labeling Methods Used for Expression Analysis by DNA Microarrays JO - BioTechniques VL - 33 ID - Richter2002 ER - TY - JOUR AU - Sotiriou, C. AU - Khanna, C. AU - Jazaeri, A. A. AU - Petersen, D. AU - Liu, E. T. PY - 2002 DA - 2002// TI - Core Biopsies Can Be Used to Distinguish Differences in Expression Profiling by cDNA Microarrays JO - J Mol Diagn VL - 4 UR - https://doi.org/10.1016/S1525-1578(10)60677-0 DO - 10.1016/S1525-1578(10)60677-0 ID - Sotiriou2002 ER - TY - STD TI - The pre-publication history for this paper can be accessed here:http://www.biomedcentral.com/1471-2407/4/20/prepub UR - http://www.biomedcentral.com/1471-2407/4/20/prepub ID - ref32 ER -