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Table 5 Results QPCR validation compared with the results from the genome-wide expression analysis

From: Molecular profiling of cutaneous squamous cell carcinomas and actinic keratoses from organ transplant recipients

QPCR validation experiment           
  Normalized relative expressiona    Fold change and P-value Student’sT-testb  
  NS (n = 10) AK (n = 13) SSC (n = 15) SCC vs NS AK vs NS SCC vs AK
Gene Median SE Median SE Median SE log2(FC) p-value log2(FC) p-value log2(FC) p-value
CCL27 18,45 2,53 2,46 0,91 0,11 0,14 −7,34 5,48E-05 −2,91 1,80E-04 −4,43 3,30E-03
KRT17 0,12 0,03 1,19 0,41 5,20 0,97 5,39 7,13E-05 3,26 7,07E-03 2,13 1,13E-03
MMP1 0,01 0,01 0,28 1,16 47,19 35,2 12,18 5,68E-02 4,80 2,32E-01 7,38 6,14E-02
MMP3 0,01 0,01 0,36 0,37 17,91 4,95 10,99 3,03E-03 5,36 4,07E-02 5,63 4,31E-03
MMP9 0,07 0,01 1,83 0,74 4,49 4,21 6,07 1,82E-02 4,77 4,42E-03 1,30 6,07E-02
MMP10 0,02 0,03 0,95 1,17 17,70 8,24 9,59 2,69E-03 5,38 4,53E-02 4,21 5,16E-03
PI3 0,02 0,01 2,01 1,67 10,62 6,23 8,95 5,46E-03 6,55 7,71E-03 2,40 3,25E-02
SERPINB4 0,004 0,002 1,99 6,2 18,79 15,7 12,33 2,35E-02 9,09 3,96E-02 3,24 1,46E-01
TUBB3 0,51 0,08 0,64 0,17 3,68 0,94 2,85 1,17E-03 0,32 3,20E-01 2,53 1,78E-03
Genome-wide expression analysis          
  Normalized expression c     Results limma analysis    
  NS (n = 13) AK (n = 14) SSC (n = 15) SCC vs NS AK vs NS SCC vs AK
Gene Median SE Median SE Median SE log 2 FC Adj. p-val log 2 FC Adj. p-val log 2 FC Adj. p-val
CCL27 12,92 0,02 10,74 0,10 8,60 0,03 −4,24 2,03E-15 −2,24 9,64E-08 −2,00 1,65E-06
KRT17 10,58 0,07 14,43 0,10 15,56 0,01 4,84 1,28E-14 3,16 5,56E-09 1,68 3,66E-04
MMP1 8,32 0,00 8,39 0,05 10,80 0,08 2,41 5,70E-10 0,22 5,65E-01 2,20 1,61E-07
MMP3 8,33 0,01 8,55 0,06 10,59 0,08 2,44 1,16E-09 0,50 1,59E-01 1,84 6,86E-06
MMP9 8,48 0,01 9,29 0,06 10,50 0,09 2,22 1,37E-07 1,05 8,50E-03 1,93 2,02E-06
MMP10 8,31 0,00 8,33 0,02 10,02 0,10 1,93 3,07E-07 0,09 8,41E-01 1,16 4,61E-03
PI3 9,16 0,05 13,60 0,14 15,27 0,04 5,68 1,33E-13 3,96 1,09E-08 1,72 3,44E-03
SERPINB4 8,34 0,02 10,22 0,13 12,04 0,10 3,81 5,15E-09 2,16 3,64E-04 1,65 6,04E-03
TUBB3 8,84 0,01 8,86 0,05 10,45 0,05 1,91 5,45E-11 0,23 3,66E-01 1,67 5,28E-08
  1. a Relative expression normalized to the expression level of four reference genes.
  2. b Bold values represent the comparisons that could be statistically confirmed in the QPCR validation experiment.
  3. c VST transformed RSN normalized data.