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Table 5 Results QPCR validation compared with the results from the genome-wide expression analysis

From: Molecular profiling of cutaneous squamous cell carcinomas and actinic keratoses from organ transplant recipients

QPCR validation experiment

          
 

Normalized relative expressiona

  

Fold change and P-value Student’sT-testb

 
 

NS (n = 10)

AK (n = 13)

SSC (n = 15)

SCC vs NS

AK vs NS

SCC vs AK

Gene

Median

SE

Median

SE

Median

SE

log2(FC)

p-value

log2(FC)

p-value

log2(FC)

p-value

CCL27

18,45

2,53

2,46

0,91

0,11

0,14

−7,34

5,48E-05

−2,91

1,80E-04

−4,43

3,30E-03

KRT17

0,12

0,03

1,19

0,41

5,20

0,97

5,39

7,13E-05

3,26

7,07E-03

2,13

1,13E-03

MMP1

0,01

0,01

0,28

1,16

47,19

35,2

12,18

5,68E-02

4,80

2,32E-01

7,38

6,14E-02

MMP3

0,01

0,01

0,36

0,37

17,91

4,95

10,99

3,03E-03

5,36

4,07E-02

5,63

4,31E-03

MMP9

0,07

0,01

1,83

0,74

4,49

4,21

6,07

1,82E-02

4,77

4,42E-03

1,30

6,07E-02

MMP10

0,02

0,03

0,95

1,17

17,70

8,24

9,59

2,69E-03

5,38

4,53E-02

4,21

5,16E-03

PI3

0,02

0,01

2,01

1,67

10,62

6,23

8,95

5,46E-03

6,55

7,71E-03

2,40

3,25E-02

SERPINB4

0,004

0,002

1,99

6,2

18,79

15,7

12,33

2,35E-02

9,09

3,96E-02

3,24

1,46E-01

TUBB3

0,51

0,08

0,64

0,17

3,68

0,94

2,85

1,17E-03

0,32

3,20E-01

2,53

1,78E-03

Genome-wide expression analysis

         
 

Normalized expression c

   

Results limma analysis

   
 

NS (n = 13)

AK (n = 14)

SSC (n = 15)

SCC vs NS

AK vs NS

SCC vs AK

Gene

Median

SE

Median

SE

Median

SE

log 2 FC

Adj. p-val

log 2 FC

Adj. p-val

log 2 FC

Adj. p-val

CCL27

12,92

0,02

10,74

0,10

8,60

0,03

−4,24

2,03E-15

−2,24

9,64E-08

−2,00

1,65E-06

KRT17

10,58

0,07

14,43

0,10

15,56

0,01

4,84

1,28E-14

3,16

5,56E-09

1,68

3,66E-04

MMP1

8,32

0,00

8,39

0,05

10,80

0,08

2,41

5,70E-10

0,22

5,65E-01

2,20

1,61E-07

MMP3

8,33

0,01

8,55

0,06

10,59

0,08

2,44

1,16E-09

0,50

1,59E-01

1,84

6,86E-06

MMP9

8,48

0,01

9,29

0,06

10,50

0,09

2,22

1,37E-07

1,05

8,50E-03

1,93

2,02E-06

MMP10

8,31

0,00

8,33

0,02

10,02

0,10

1,93

3,07E-07

0,09

8,41E-01

1,16

4,61E-03

PI3

9,16

0,05

13,60

0,14

15,27

0,04

5,68

1,33E-13

3,96

1,09E-08

1,72

3,44E-03

SERPINB4

8,34

0,02

10,22

0,13

12,04

0,10

3,81

5,15E-09

2,16

3,64E-04

1,65

6,04E-03

TUBB3

8,84

0,01

8,86

0,05

10,45

0,05

1,91

5,45E-11

0,23

3,66E-01

1,67

5,28E-08

  1. a Relative expression normalized to the expression level of four reference genes.
  2. b Bold values represent the comparisons that could be statistically confirmed in the QPCR validation experiment.
  3. c VST transformed RSN normalized data.
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BMC Cancer

ISSN: 1471-2407

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