TY - JOUR AU - Vogelstein, B. AU - Kinzler, K. W. PY - 2004 DA - 2004// TI - Cancer genes and the pathways they control JO - Nat. Med VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nm1087 DO - 10.1038/nm1087 ID - Vogelstein2004 ER - TY - JOUR AU - McCulloch, S. D. AU - Kunkel, T. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - The fidelity of DNA synthesis by eukaryotic replicative and translesion synthesis polymerases JO - Cell Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1038/cr.2008.4 DO - 10.1038/cr.2008.4 ID - McCulloch2008 ER - TY - JOUR AU - Alic, N. AU - Ayoub, N. AU - Landrieux, E. AU - Favry, E. AU - Baudouin-Cornu, P. AU - Riva, M. AU - Carles, C. PY - 2007 DA - 2007// TI - Selectivity and proofreading both contribute significantly to the fidelity of RNA polymerase III transcription JO - Proc. Natl. Acad. Sci. USA VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0704116104 DO - 10.1073/pnas.0704116104 ID - Alic2007 ER - TY - JOUR PY - 2001 DA - 2001// TI - A map of human genome sequence variation containing 1.42 million single nucleotide polymorphisms JO - Nature VL - 409 UR - https://doi.org/10.1038/35057149 DO - 10.1038/35057149 ID - ref4 ER - TY - JOUR AU - Kevanon, K. AU - Eisenberg, E. AU - Rechavi, G. AU - Levanon, E. Y. PY - 2005 DA - 2005// TI - Letter from the editor: adenosine-to-inosine RNA editing in Alu repeats in the human genome JO - EMBO reports VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/sj.embor.7400507 DO - 10.1038/sj.embor.7400507 ID - Kevanon2005 ER - TY - JOUR AU - Rosenberg, B. R. AU - Hamilton, C. E. AU - Mwangi, M. M. AU - Dewell, S. AU - Papavasiliou, F. N. PY - 2010 DA - 2010// TI - Transcriptome-wide sequencing reveals numerous APOBEC1 mRNA-editing in transcript 3’ UTRs JO - Nature Struct. & Mol. Biology VL - 18 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.1975 DO - 10.1038/nsmb.1975 ID - Rosenberg2010 ER - TY - JOUR AU - Hanahan, D. AU - Weinberg, R. A. PY - 2000 DA - 2000// TI - The hallmarks of cancer JO - Cell VL - 100 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(00)81683-9 DO - 10.1016/S0092-8674(00)81683-9 ID - Hanahan2000 ER - TY - JOUR AU - Martin, S. A. AU - Hewish, M. AU - Lord, C. AU - Ashworth, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genomic instability and the selection of treatments for cancer JO - J. Pathol VL - 220 ID - Martin2010 ER - TY - JOUR AU - Davies, J. J. AU - Wilson, I. M. AU - Lam, W. L. PY - 2005 DA - 2005// TI - Array CGH technologies and their applications to cancer genomes JO - Chromosome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1007/s10577-005-2168-x DO - 10.1007/s10577-005-2168-x ID - Davies2005 ER - TY - JOUR AU - Pleasance, E. D. AU - Cheetham, R. K. AU - Stephens, P. J. AU - McBride, D. J. AU - Humphray, S. J. AU - Greenman, C. D. AU - Varela, I. AU - Lin, M. L. AU - Ordonez, G. R. AU - Bignell, G. R. PY - 2010 DA - 2010// TI - A comprehensive catalogue of somatic mutations from a human cancer genome JO - Nature VL - 463 UR - https://doi.org/10.1038/nature08658 DO - 10.1038/nature08658 ID - Pleasance2010 ER - TY - JOUR AU - Wood, L. D. AU - Parsons, D. W. AU - Jones, S. AU - Lin, J. AU - Sjöblom, T. AU - Leary, R. J. AU - Shen, D. AU - Boca, S. M. AU - Barber, T. AU - Ptak, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - The genomic landscapes of human breast and colorectal cancers JO - Science VL - 318 UR - https://doi.org/10.1126/science.1145720 DO - 10.1126/science.1145720 ID - Wood2007 ER - TY - JOUR AU - Futreal, P. A. AU - Coin, L. AU - Marshall, M. AU - Down, T. AU - Hubbard, T. AU - Wooster, R. AU - Rahman, N. AU - Stratton, M. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - A census of human cancer genes JO - Nature Reviews VL - 4 ID - Futreal2004 ER - TY - JOUR AU - Brulliard, M. AU - Lorphelin, D. AU - Collignon, O. AU - Lorphelin, W. AU - Thouvenot, B. AU - Gothié, E. AU - Jacquenet, S. AU - Ogier, V. AU - Roitel, O. AU - Monnez, J. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Non-random variations in human cancer ESTs indicate that mRNA heterogeneity increases during carcinogenesis JO - Proc. Natl. Acad. Sci. USA VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0611076104 DO - 10.1073/pnas.0611076104 ID - Brulliard2007 ER - TY - JOUR AU - Shah, S. P. AU - Morin, R. D. AU - Khattra, J. AU - Prentice, L. AU - Pugh, T. AU - Burleigh, A. AU - Delaney, A. AU - Gelmon, K. AU - Guliany, R. AU - Senz, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Mutational evolution in a lobular breast tumour profiled at single nucleotide resolution JO - Nature VL - 461 UR - https://doi.org/10.1038/nature08489 DO - 10.1038/nature08489 ID - Shah2009 ER - TY - JOUR AU - Chen, R. AU - Mias, G. I. AU - Li-Pook-Than, J. AU - Jiang, L. AU - Lam, H. Y. K. AU - Chen, R. AU - Miriami, E. AU - Karczewski, K. J. AU - Hariharan, M. AU - Dewey, F. E. PY - 2012 DA - 2012// TI - Personal omics profiling reveals dynamic molecular and medical phenotypes JO - Cell VL - 148 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.02.009 DO - 10.1016/j.cell.2012.02.009 ID - Chen2012 ER - TY - JOUR AU - Paz, N. AU - Levanon, E. Y. AU - Amariglio, N. AU - Heimberger, A. B. AU - Ram, Z. AU - Constantini, S. AU - Barbash, Z. S. AU - Adamsky, K. AU - Safran, M. AU - Hirschberg, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Altered adenosine-to-inosine RNA editing in human cancer JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.6493107 DO - 10.1101/gr.6493107 ID - Paz2007 ER - TY - JOUR AU - Saha, S. AU - Sparks, B. A. AU - Rago, C. AU - Akmaev, V. AU - Wang, C. J. AU - Vogelstein, B. AU - Kinzler, K. W. AU - Velculescu, V. E. PY - 2002 DA - 2002// TI - Using the transcriptome to annotate the genome JO - Nat. Biotechnology VL - 20 UR - https://doi.org/10.1038/nbt0502-508 DO - 10.1038/nbt0502-508 ID - Saha2002 ER - TY - JOUR AU - Morrissy, S. AU - Zhao, Y. AU - Delaney, A. AU - Asano, J. AU - Dhalla, N. AU - Li, I. AU - McDonald, H. AU - Pandoh, P. AU - Prabhu, A. L. AU - Tam, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Digital Gene Expression by Tag sequencing on the Illumina Genome Analyzer JO - Curr. Protoc. Hum. Genet VL - 65 ID - Morrissy2010 ER - TY - JOUR AU - Nielsen, K. L. AU - Hogh, A. L. AU - Emmersen, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - DeepSAGE– digital transcriptomics with high sensitivity, simple experimental protocol and multiplexing of samples JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl714 DO - 10.1093/nar/gkl714 ID - Nielsen2006 ER - TY - JOUR AU - Berriz, G. F. AU - Roth, F. P. PY - 2008 DA - 2008// TI - The Synergizer service for translating gene, protein and other biological identifiers JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn424 DO - 10.1093/bioinformatics/btn424 ID - Berriz2008 ER - TY - JOUR AU - Barrett, T. AU - Troup, D. B. AU - Wilhite, S. E. AU - Ledoux, P. AU - Evangelista, C. AU - Kim, I. F. AU - Tomashevsky, M. AU - Marshall, K. A. AU - Philippy, K. H. AU - Sherman, P. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - NCBI GEO: archive for high-throughput functional genomic data JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn764 DO - 10.1093/nar/gkn764 ID - Barrett2009 ER - TY - JOUR AU - Bianchetti, L. AU - Wu, Y. AU - Guérin, E. AU - Poch, O. PY - 2007 DA - 2007// TI - SAGETTARIUS: a program to reduce the number of tags mapped to multiple transcripts and to plan SAGE sequencing stages JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm648 DO - 10.1093/nar/gkm648 ID - Bianchetti2007 ER - TY - JOUR AU - Forbes, S. A. AU - Tang, G. AU - Bindal, N. AU - Bamford, S. AU - Dawson, E. AU - Cole, C. AU - Kok, C. Y. AU - Jia, M. AU - Ewing, R. AU - Menzies, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - COSMIC (The Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) a resource to investigate acquired mutations in human cancer JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp995 DO - 10.1093/nar/gkp995 ID - Forbes2010 ER - TY - JOUR AU - Silva, A. P. AU - De Souza, J. E. AU - Galante, P. A. AU - Riggins, G. J. AU - De Souza, S. J. AU - Camargo, A. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - The impact of SNPs on the interpretation of SAGE and MPSS experimental data JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh937 DO - 10.1093/nar/gkh937 ID - Silva2004 ER - TY - JOUR AU - Huang, D. W. AU - Sherman, B. T. AU - Lempicki, R. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bioinformatics resource JO - Nature Protocols VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2008.211 DO - 10.1038/nprot.2008.211 ID - Huang2008 ER - TY - JOUR AU - Alvarez, H. AU - Montgomery, E. A. AU - Karikari, C. AU - Canto, M. AU - Dunbar, K. B. AU - Wang, J. S. AU - Feldmann, G. AU - Hong, S. M. AU - Haffner, M. C. AU - Meeker, A. K. PY - 2010 DA - 2010// TI - The AxI receptor tyrosine kinase is an adverse prognostic factor and a therapeutic target in esophageal adenocarcinoma JO - Cancer Biology & Therapy VL - 10 UR - https://doi.org/10.4161/cbt.10.10.13248 DO - 10.4161/cbt.10.10.13248 ID - Alvarez2010 ER - TY - JOUR AU - Wang, S. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Understanding SAGE data JO - Trends in genetics VL - 3 ID - Wang2006 ER - TY - JOUR AU - Keime, C. AU - Sémon, M. AU - Mouchiroud, D. AU - Duret, L. AU - Gandrillon, O. PY - 2007 DA - 2007// TI - Unexpected observations after mapping LongSAGE tags to the human genome JO - BMC Bioinformatics VL - 8 ID - Keime2007 ER - TY - JOUR AU - Thomas, M. J. AU - Platas, A. A. AU - Hawley, D. K. PY - 1998 DA - 1998// TI - Transcriptional fidelity and proofreading by RNA polymerase II JO - Cell VL - 93 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(00)81191-5 DO - 10.1016/S0092-8674(00)81191-5 ID - Thomas1998 ER - TY - JOUR AU - Sydow, J. F. AU - Cramer, P. PY - 2009 DA - 2009// TI - RNA polymerase fidelity and transcriptional proofreading JO - Current Opinion in Structural Biology VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/j.sbi.2009.10.009 DO - 10.1016/j.sbi.2009.10.009 ID - Sydow2009 ER - TY - JOUR AU - Goldsby, R. E. AU - Hays, L. E. AU - Chen, X. AU - Olmsted, E. A. AU - Slayton, W. B. AU - Spangrude, G. J. AU - Preston, B. D. PY - 2002 DA - 2002// TI - High incidence of epithelial cancers in mice deficient for DNA polymerase δ proofreading JO - PNAS VL - 99 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.232340999 DO - 10.1073/pnas.232340999 ID - Goldsby2002 ER - TY - JOUR AU - Efroni, S. AU - Duttagupta, R. AU - Cheng, J. AU - Dehghani, H. AU - Hoeppner, D. J. AU - Dash, C. AU - Bazett-Jones, D. P. AU - Le Grice, S. AU - McKay, R. D. AU - Buetow, K. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Global transcription in pluripotent embryonic stem cells JO - Cell VL - 2 ID - Efroni2008 ER - TY - STD TI - The pre-publication history for this paper can be accessed here:http://www.biomedcentral.com/1471-2407/12/509/prepub UR - http://www.biomedcentral.com/1471-2407/12/509/prepub ID - ref33 ER -