TY - JOUR AU - van't Veer, L. J. AU - Dai, H. AU - van de Vijver, M. J. AU - He, Y. D. AU - Hart, A. A. AU - Mao, M. AU - Peterse, H. L. AU - van der Kooy, K. AU - Marton, M. J. AU - Witteveen, A. T. AU - Schreiber, G. J. AU - Kerkhoven, R. M. AU - Roberts, C. AU - Linsley, P. S. AU - Bernards, R. AU - Friend, S. H. PY - 2002 DA - 2002// TI - Gene expression profiling predicts clinical outcome of breast cancer JO - Nature VL - 415 UR - https://doi.org/10.1038/415530a DO - 10.1038/415530a ID - van't Veer2002 ER - TY - JOUR AU - Paik, S. AU - Shak, S. AU - Tang, G. AU - Kim, C. AU - Baker, J. AU - Cronin, M. AU - Baehner, F. L. AU - Walker, M. G. AU - Watson, D. AU - Park, T. AU - Hiller, W. AU - Fisher, E. R. AU - Wickerham, D. L. AU - Bryant, J. AU - Wolmark, N. PY - 2004 DA - 2004// TI - A multigene assay to predict recurrence of tamoxifen-treated, node-negative breast cancer JO - N Engl J Med VL - 351 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa041588 DO - 10.1056/NEJMoa041588 ID - Paik2004 ER - TY - JOUR AU - van't Veer, L. J. AU - Bernards, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Enabling personalized cancer medicine through analysis of gene-expression patterns JO - Nature VL - 452 UR - https://doi.org/10.1038/nature06915 DO - 10.1038/nature06915 ID - van't Veer2008 ER - TY - JOUR AU - Lassmann, S. AU - Kreutz, C. AU - Schoepflin, A. AU - Hopt, U. AU - Timmer, J. AU - Werner, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - A novel approach for reliable microarray analysis of microdissected tumor cells from formalin-fixed and paraffin-embedded colorectal cancer resection specimens JO - J Mol Med VL - 87 UR - https://doi.org/10.1007/s00109-008-0419-y DO - 10.1007/s00109-008-0419-y ID - Lassmann2009 ER - TY - JOUR AU - Hoshida, Y. AU - Villanueva, A. AU - Kobayashi, M. AU - Peix, J. AU - Chiang, D. Y. AU - Camargo, A. AU - Gupta, S. AU - Moore, J. AU - Wrobel, M. J. AU - Lerner, J. AU - Reich, M. AU - Chan, J. A. AU - Glickman, J. N. AU - Ikeda, K. AU - Hashimoto, M. AU - Watanabe, G. AU - Daidone, M. G. AU - Roayaie, S. AU - Schwartz, M. AU - Thung, S. AU - Salvesen, H. B. AU - Gabriel, S. AU - Mazzaferro, V. AU - Bruix, J. AU - Friedman, S. L. AU - Kumada, H. AU - Llovet, J. M. AU - Golub, T. R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Gene expression in fixed tissues and outcome in hepatocellular carcinoma JO - N Engl J Med VL - 359 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa0804525 DO - 10.1056/NEJMoa0804525 ID - Hoshida2008 ER - TY - JOUR AU - Glas, A. M. AU - Floore, A. AU - Delahaye, L. J. AU - Witteveen, A. T. AU - Pover, R. C. AU - Bakx, N. AU - Lahti-Domenici, J. S. AU - Bruinsma, T. J. AU - Warmoes, M. O. AU - Bernards, R. AU - Wessels, L. F. AU - Van't Veer, L. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Converting a breast cancer microarray signature into a high-throughput diagnostic test JO - BMC Genomics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-7-278 DO - 10.1186/1471-2164-7-278 ID - Glas2006 ER - TY - JOUR AU - van de Vijver, M. J. AU - He, Y. D. AU - van't Veer, L. J. AU - Dai, H. AU - Hart, A. A. AU - Voskuil, D. W. AU - Schreiber, G. J. AU - Peterse, J. L. AU - Roberts, C. AU - Marton, M. J. AU - Parrish, M. AU - Atsma, D. AU - Witteveen, A. AU - Glas, A. AU - Delahaye, L. AU - van der Velde, T. AU - Bartelink, H. AU - Rodenhuis, S. AU - Rutgers, E. T. AU - Friend, S. H. AU - Bernards, R. PY - 2002 DA - 2002// TI - A gene-expression signature as a predictor of survival in breast cancer JO - N Engl J Med VL - 347 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa021967 DO - 10.1056/NEJMoa021967 ID - van de Vijver2002 ER - TY - JOUR AU - Chang, H. Y. AU - Nuyten, D. S. AU - Sneddon, J. B. AU - Hastie, T. AU - Tibshirani, R. AU - Sørlie, T. AU - Dai, H. AU - He, Y. D. AU - van't Veer, L. J. AU - Bartelink, H. AU - van de Rijn, M. AU - Brown, P. O. AU - van de Vijver, M. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Robustness, scalability, and integration of a wound-response gene expression signature in predicting breast cancer survival JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0409462102 DO - 10.1073/pnas.0409462102 ID - Chang2005 ER - TY - JOUR AU - Troester, M. A. AU - Hoadley, K. A. AU - Sørlie, T. AU - Herbert, B. S. AU - Børresen-Dale, A. L. AU - Lønning, P. E. AU - Shay, J. W. AU - Kaufmann, W. K. AU - Perou, C. M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Cell-type-specific responses to chemotherapeutics in breast cancer JO - Cancer Res VL - 64 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-04-0107 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-04-0107 ID - Troester2004 ER - TY - JOUR AU - Masuda, N. AU - Ohnishi, T. AU - Kawamoto, S. AU - Monden, M. AU - Okubo, K. PY - 1999 DA - 1999// TI - Analysis of chemical modification of RNA from formalin-fixed samples and optimization of molecular biology applications for such samples JO - Nucleic Acids Res VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/nar/27.22.4436 DO - 10.1093/nar/27.22.4436 ID - Masuda1999 ER - TY - JOUR AU - Balogh, G. A. AU - Russo, J. AU - Mailo, D. A. AU - Heulings, R. AU - Russo, P. A. AU - Morrison, P. AU - Sheriff, F. AU - Russo, I. H. PY - 2007 DA - 2007// TI - The breast of parous women without cancer has a different genomic profile compared to those with cancer JO - Int J Oncol VL - 31 ID - Balogh2007 ER - TY - JOUR AU - Specht, K. AU - Richter, T. AU - Muller, U. AU - Walch, A. AU - Werner, M. AU - Hofler, H. PY - 2001 DA - 2001// TI - Quantitative gene expression analysis in microdissected archival formalin-fixed and paraffin-embedded tumor tissue JO - Am J Pathol VL - 158 UR - https://doi.org/10.1016/S0002-9440(10)63985-5 DO - 10.1016/S0002-9440(10)63985-5 ID - Specht2001 ER - TY - JOUR AU - Madabusi, L. V. AU - Latham, G. J. AU - Andruss, B. F. PY - 2006 DA - 2006// TI - RNA extraction for arrays JO - Methods Enzymol VL - 411 UR - https://doi.org/10.1016/S0076-6879(06)11001-0 DO - 10.1016/S0076-6879(06)11001-0 ID - Madabusi2006 ER - TY - JOUR AU - Cardoso, F. AU - Van't Veer, L. AU - Rutgers, E. AU - Loi, S. AU - Mook, S. AU - Piccart-Gebhart, M. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Clinical application of the 70-gene profile: The MINDACT trial JO - J Clin Oncol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1200/JCO.2007.14.3222 DO - 10.1200/JCO.2007.14.3222 ID - Cardoso2008 ER - TY - JOUR AU - Duenwald, S. AU - Zhou, M. AU - Wang, Y. AU - Lejnine, S. AU - Kulkarni, A. AU - Graves, J. AU - Smith, R. AU - Castle, J. AU - Tokiwa, G. AU - Fine, B. AU - Dai, H. AU - Fare, T. AU - Marton, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Development of a microarray platform for FFPET profiling: Application to the classification of human tumors JO - J Transl Med VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1479-5876-7-65 DO - 10.1186/1479-5876-7-65 ID - Duenwald2009 ER - TY - JOUR AU - Bibikova, M. AU - Talantov, D. AU - Chudin, E. AU - Yeakley, J. M. AU - Chen, J. AU - Doucet, D. AU - Wickham, E. AU - Atkins, D. AU - Barker, D. AU - Chee, M. AU - Wang, Y. AU - Fan, J. B. PY - 2004 DA - 2004// TI - Quantitative gene expression profiling in formalin-fixed, paraffin-embedded tissues using universal bead arrays JO - Am J Pathol VL - 165 UR - https://doi.org/10.1016/S0002-9440(10)63435-9 DO - 10.1016/S0002-9440(10)63435-9 ID - Bibikova2004 ER - TY - JOUR AU - Ravo, M. AU - Mutarelli, M. AU - Ferraro, L. AU - Grober, O. M. AU - Paris, O. AU - Tarallo, R. AU - Vigilante, A. AU - Cimino, D. AU - De Bortoli, M. AU - Nola, E. AU - Cicatiello, L. AU - Weisz, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Quantitative expression profiling of highly degraded RNA from formalin-fixed, paraffin-embedded breast tumor biopsies by oligonucleotide microarrays JO - Lab Invest VL - 88 UR - https://doi.org/10.1038/labinvest.2008.11 DO - 10.1038/labinvest.2008.11 ID - Ravo2008 ER - TY - JOUR AU - Lee, J. AU - Hever, A. AU - Willhite, D. AU - Zlotnik, A. AU - Hevezi, P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Effects of RNA degradation on gene expression analysis of human postmortem tissues JO - FASEB J VL - 19 UR - https://doi.org/10.1096/fj.04-2591hyp DO - 10.1096/fj.04-2591hyp ID - Lee2005 ER - TY - JOUR AU - Waddell, N. AU - Cocciardi, S. AU - Johnson, J. AU - Healey, S. AU - Marsh, A. AU - Riley, J. AU - da Silva, L. AU - Vargas, A. C. AU - Reid, L. AU - Simpson, P. T. AU - Lakhani, S. R. AU - Chenevix-Trench, G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Gene expression profiling of formalin-fixed, paraffin-embedded familial breast tumours using the whole genome-DASL assay JO - J Pathol VL - 221 ID - Waddell2010 ER - TY - JOUR AU - Da Silva, L. AU - Parry, S. AU - Reid, L. AU - Keith, P. AU - Waddell, N. AU - Kossai, M. AU - Clarke, C. AU - Lakhani, S. R. AU - Simpson, P. T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Aberrant expression of E-cadherin in lobular carcinomas of the breast JO - Am J Surg Pathol VL - 32 UR - https://doi.org/10.1097/PAS.0b013e318158d6c5 DO - 10.1097/PAS.0b013e318158d6c5 ID - Da Silva2008 ER - TY - STD TI - Ton CC, Vartanian N, Chai X, Lin MG, Yuan X, Malone KE, Li CI, Dawson A, Sather C, Delrow J, Hsu L, Porter PL: Gene expression array testing of FFPE archival breast tumor samples: an optimized protocol for WG-DASL®sample preparation. Breast Cancer Res Treat. ID - ref21 ER - TY - JOUR AU - Mulligan, J. M. AU - McDyer, F. AU - Deharo, S. AU - Farztdinov, V. AU - Halfpenny, I. AU - Delaney, T. AU - Couch, F. AU - Quinn, J. E. AU - Harkin, P. AU - Kennedy, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Identification of molecular subtypes within a formalin-fixed, paraffin-embedded breast cancer tumour cohort [abstract] JO - Breast Cancer Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/bcr2530 DO - 10.1186/bcr2530 ID - Mulligan2010 ER - TY - JOUR AU - Wong, V. AU - Wang, D. Y. AU - Warren, K. AU - Kulkarni, S. AU - Boerner, S. AU - Done, S. J. AU - Leong, W. L. PY - 2008 DA - 2008// TI - The effects of timing of fine needle aspiration biopsies on gene expression profiles in breast cancers JO - BMC Cancer VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2407-8-277 DO - 10.1186/1471-2407-8-277 ID - Wong2008 ER - TY - JOUR AU - Abramovitz, M. AU - Ordanic-Kodani, M. AU - Wang, Y. AU - Li, Z. AU - Catzavelos, C. AU - Bouzyk, M. AU - Sledge, G. W. AU - Moreno, C. S. AU - Leyland-Jones, B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Optimization of RNA extraction from FFPE tissues for expression profiling in the DASL assay JO - Biotechniques VL - 44 UR - https://doi.org/10.2144/000112703 DO - 10.2144/000112703 ID - Abramovitz2008 ER - TY - JOUR AU - Miller, L. D. AU - Smeds, J. AU - George, J. AU - Vega, V. B. AU - Vergara, L. AU - Ploner, A. AU - Pawitan, Y. AU - Hall, P. AU - Klaar, S. AU - Liu, E. T. AU - Bergh, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - An expression signature for p53 status in human breast cancer predicts mutation status, transcriptional effects, and patient survival JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0506230102 DO - 10.1073/pnas.0506230102 ID - Miller2005 ER - TY - JOUR AU - Rupp, G. M. AU - Locker, J. PY - 1988 DA - 1988// TI - Purification and analysis of RNA from paraffin-embedded tissues JO - Biotechniques VL - 6 ID - Rupp1988 ER - TY - JOUR AU - Medeiros, F. AU - Rigl, C. T. AU - Anderson, G. G. AU - Becker, S. H. AU - Halling, K. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - Tissue handling for genome-wide expression analysis: A review of the issues, evidence, and opportunities JO - Arch Pathol Lab Med VL - 131 ID - Medeiros2007 ER - TY - JOUR AU - Hewitt, S. M. AU - Lewis, F. A. AU - Cao, Y. AU - Conrad, R. C. AU - Cronin, M. AU - Danenberg, K. D. AU - Goralski, T. J. AU - Langmore, J. P. AU - Raja, R. G. AU - Williams, P. M. AU - Palma, J. F. AU - Warrington, J. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Tissue handling and specimen preparation in surgical pathology: Issues concerning the recovery of nucleic acids from formalin-fixed, paraffin-embedded tissue JO - Arch Pathol Lab Med VL - 132 ID - Hewitt2008 ER - TY - JOUR AU - Ribeiro-Silva, A. AU - Zhang, H. AU - Jeffrey, S. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - RNA extraction from ten year old formalin-fixed paraffin-embedded breast cancer samples: A comparison of column purification and magnetic bead-based technologies JO - BMC Mol Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2199-8-118 DO - 10.1186/1471-2199-8-118 ID - Ribeiro-Silva2007 ER - TY - JOUR AU - Linton, K. AU - Hey, Y. AU - Dibben, S. AU - Miller, C. AU - Freemont, A. AU - Radford, J. AU - Pepper, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Methods comparison for high-resolution transcriptional analysis of archival material on affymetrix plus 2.0 and exon 1.0 microarrays JO - Biotechniques VL - 47 UR - https://doi.org/10.2144/000113169 DO - 10.2144/000113169 ID - Linton2009 ER - TY - JOUR AU - Karsten, S. L. AU - Van Deerlin, V. M. AU - Sabatti, C. AU - Gill, L. H. AU - Geschwind, D. H. PY - 2002 DA - 2002// TI - An evaluation of tyramide signal amplification and archived fixed and frozen tissue in microarray gene expression analysis JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.2.e4 DO - 10.1093/nar/30.2.e4 ID - Karsten2002 ER - TY - JOUR AU - Penland, S. K. AU - Keku, T. O. AU - Torrice, C. AU - He, X. AU - Krishnamurthy, J. AU - Hoadley, K. A. AU - Woosley, J. T. AU - Thomas, N. E. AU - Perou, C. M. AU - Sandler, R. S. AU - Sharpless, N. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - RNA expression analysis of formalin-fixed paraffin-embedded tumors JO - Lab Invest VL - 87 ID - Penland2007 ER - TY - JOUR AU - Linton, K. M. AU - Hey, Y. AU - Saunders, E. AU - Jeziorska, M. AU - Denton, J. AU - Wilson, C. L. AU - Swindell, R. AU - Dibben, S. AU - Miller, C. J. AU - Pepper, S. D. AU - Radford, J. A. AU - Freemont, A. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Acquisition of biologically relevant gene expression data by affymetrix microarray analysis of archival formalin-fixed paraffin-embedded tumours JO - Br J Cancer VL - 98 UR - https://doi.org/10.1038/sj.bjc.6604316 DO - 10.1038/sj.bjc.6604316 ID - Linton2008 ER - TY - JOUR AU - Paik, S. AU - Kim, C. Y. AU - Song, Y. K. AU - Kim, W. S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Technology insight: Application of molecular techniques to formalin-fixed paraffin-embedded tissues from breast cancer JO - Nat Clin Pract Oncol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/ncponc0171 DO - 10.1038/ncponc0171 ID - Paik2005 ER - TY - JOUR AU - Frank, M. AU - Doring, C. AU - Metzler, D. AU - Eckerle, S. AU - Hansmann, M. L. PY - 2007 DA - 2007// TI - Global gene expression profiling of formalin-fixed paraffin-embedded tumor samples: A comparison to snap-frozen material using oligonucleotide microarrays JO - Virchows Arch VL - 450 UR - https://doi.org/10.1007/s00428-007-0412-9 DO - 10.1007/s00428-007-0412-9 ID - Frank2007 ER - TY - JOUR AU - Farragher, S. M. AU - Tanney, A. AU - Kennedy, R. D. AU - Paul Harkin, D. PY - 2008 DA - 2008// TI - RNA expression analysis from formalin fixed paraffin embedded tissues JO - Histochem Cell Biol VL - 130 UR - https://doi.org/10.1007/s00418-008-0479-7 DO - 10.1007/s00418-008-0479-7 ID - Farragher2008 ER - TY - JOUR AU - Cronin, M. AU - Pho, M. AU - Dutta, D. AU - Stephans, J. C. AU - Shak, S. AU - Kiefer, M. C. AU - Esteban, J. M. AU - Baker, J. B. PY - 2004 DA - 2004// TI - Measurement of gene expression in archival paraffin-embedded tissues: Development and performance of a 92-gene reverse transcriptase-polymerase chain reaction assay JO - Am J Pathol VL - 164 UR - https://doi.org/10.1016/S0002-9440(10)63093-3 DO - 10.1016/S0002-9440(10)63093-3 ID - Cronin2004 ER - TY - JOUR AU - Olakowski, M. AU - Tyszkiewicz, T. AU - Jarzab, M. AU - Król, R. AU - Oczko-Wojciechowska, M. AU - Kowalska, M. AU - Kowal, M. AU - Gala, G. M. AU - Kajor, M. AU - Lange, D. AU - Chmielik, E. AU - Gubala, E. AU - Lampe, P. AU - Jarzab, B. PY - 2009 DA - 2009// TI - NBL1 and anillin (ANLN) genes over-expression in pancreatic carcinoma JO - Folia Histochem Cytobiol VL - 47 UR - https://doi.org/10.2478/v10042-009-0031-1 DO - 10.2478/v10042-009-0031-1 ID - Olakowski2009 ER - TY - JOUR AU - Skrzypski, M. AU - Jassem, E. AU - Taron, M. AU - Sanchez, J. J. AU - Mendez, P. AU - Rzyman, W. AU - Gulida, G. AU - Raz, D. AU - Jablons, D. AU - Provencio, M. AU - Massuti, B. AU - Chaib, I. AU - Perez-Roca, L. AU - Jassem, J. AU - Rosell, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Three-gene expression signature predicts survival in early-stage squamous cell carcinoma of the lung JO - Clin Cancer Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-08-0576 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-08-0576 ID - Skrzypski2008 ER - TY - JOUR AU - Shimo, A. AU - Tanikawa, C. AU - Nishidate, T. AU - Lin, M. L. AU - Matsuda, K. AU - Park, J. H. AU - Ueki, T. AU - Ohta, T. AU - Hirata, K. AU - Fukuda, M. AU - Nakamura, Y. AU - Katagiri, T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Involvement of kinesin family member 2C/mitotic centromere-associated kinesin overexpression in mammary carcinogenesis JO - Cancer Sci VL - 99 ID - Shimo2008 ER - TY - JOUR AU - Tanaka, S. AU - Nohara, T. AU - Iwamoto, M. AU - Sumiyoshi, K. AU - Kimura, K. AU - Takahashi, Y. PY - 2009 DA - 2009// TI - Tanigawa N. Tau expression and efficacy of paclitaxel treatment in metastatic breast cancer JO - Cancer Chemother Pharmacol VL - 64 UR - https://doi.org/10.1007/s00280-008-0877-5 DO - 10.1007/s00280-008-0877-5 ID - Tanaka2009 ER - TY - JOUR AU - Ikeda, H. AU - Taira, N. AU - Hara, F. AU - Fujita, T. AU - Yamamoto, H. AU - Soh, J. AU - Toyooka, S. AU - Nogami, T. AU - Shien, T. AU - Doihara, H. AU - Miyoshi, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - The estrogen receptor influences microtubule-associated protein tau (MAPT) expression and the selective estrogen receptor inhibitor fulvestrant downregulates MAPT and increases the sensitivity to taxane in breast cancer cells JO - Breast Cancer Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/bcr2598 DO - 10.1186/bcr2598 ID - Ikeda2010 ER - TY - STD TI - The pre-publication history for this paper can be accessed here:http://www.biomedcentral.com/1471-2407/11/253/prepub UR - http://www.biomedcentral.com/1471-2407/11/253/prepub ID - ref43 ER -